Aspergillus doğada yaygın bulunan, çoğunda bağışıklık sistemi baskılanmış olan büyük bir hasta grubunu etkileyen ve farklı hastalık tablolarına neden olabilen bir küf mantarıdır. Aspergilloz tanısı, hastalığın ve konağın karmaşık özelliklerinden dolayı hala zordur. Konvansiyonel tanı yöntemlerinin duyarlılığı düşüktür, serolojik testlerin kullanımı bazı hasta alt gruplarıyla sınırlıdır ve moleküler yöntemlerin de halen validasyonunun tamamlanmış olması ve standart hale getirilmesi gerekmektedir. Tedavi çoğunlukla antifungallere dayanmaktadır ve önerilen ilk basamak tedavi azollerdir. Bu nedenle, ortaya çıkan azol direnci aspergilloz olgularının sonucu üzerinde doğrudan etkiye sahiptir. Ayrıca, azoller aspergilloz için tek oral tedavi seçeneğidir ve diğer seçeneklerin maliyeti daha yüksektir. Azol dirençli Aspergillus etken olduğunda, invaziv aspergillozda mortalite oranları ve kronik pulmoner aspergillozda cerrahi gereksinimi artmaktadır. Azol direncinin daha az tahmin edilen bir sonucu da, tanı üzerine olmuştur. Kesin etkeni doğrulamak için kültür yöntemlerine hala ihtiyaç olduğu için, atipik dirençli fenotipler söz konusu olduğunda kültürün duyarlılığının azalma olasılığı kaygı vericidir.
Bu derleme, Aspergillus ve aspergilloz ile ilgili güncel bilgileri özetlemeyi ve zaten zorlu olan bir patojende yeni güçlüklerin ortaya çıkmasına neden olan azol direncine dikkat çekmeyi amaçlamaktadır. En yaygın insan patojeni olduğundan eldeki verilerin çoğu Aspergillus fumigatus kompleksi ile ilişkilidir.

Aspergillus is widespread in nature and may cause different clinical forms of disease that affect a large group of patients, mostly immune supressed. Diagnosis of aspergillosis is still complicated due to complex characteristics of disease and the host. Sensitivity of conventional diagnostic methods is low, use of serological tests is limited to certain patient subpopulations and molecular methods are yet to be validated and standardized. Treatment mostly depends on antifungals and, recommended first line therapy is azoles. Therefore, emerging azole resistance has a direct influence on outcome of aspergillosis. Furthermore, azoles are the only oral therapy options for aspergillosis and the cost of alternative treatment options are higher. Mortality rates in invasive aspergillosis and need for surgery in chronic pulmonary aspergillosis increase, if caused by azole resistant Aspergillus. A less predicted consequence of azole resistance was the effect on diagnosis. Because culture methods are still needed to confirm the exact causative agent, decreasing sensitivity of culture in case of atypical resistant phenotypes are of concern.
This review aims to summarize current information on Aspergillus and aspergillosis and, to draw attention to azole resistance that causes new challenges in an already complex pathogen. As the most common human pathogen, most of the data available is on Aspergillus fumigatus complex.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Ökaryotik hücrelerde mikrofilament yapısının ana bileşeni olan aktin, sinyal yolaklarını aktin bağlayan proteinlerle etkileşerek düzenler. Daha önceki çalışmalarımızda difteri toksini ve mutant difteri toksini (CRM-197) ile enfekte olan endotel hücrelerinde toksinin A fragmenti ile etkileşen filamentöz aktinin depolimerleştiği saptanmıştır. Bu çalışmada endotel hücrelerinde F-aktin stabilizasyonu sağlanarak Difteri toksininin hücre içi trafiğinin belirlenmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Hücre kültüründe endotel hücreleri çoğaltıldı ve jasplakinolid (0,1 µmol/ml) ile sırasıyla 30 ve 60 dakika uygulandı. Diferi toksini (0,75 nmol/ml) uygulaması için jasplakinolid ile inkübasyon süresi 15 dakika ile sınırlandırıldı. Hücre içi F-aktin stabilizasyonu ve difteri toksini trafiği immünofloresan mikroskopisi ile görüntülendi.

BULGULAR: Bekletme süresine bağlı olarak stres liflerinin jasplakinolid uygulanan endotel hücrelerinin hücre zarında belirginleştiği tespit edildi. F-aktin stabilizasyonu sağlanan endotel hücrelerinde difteri toksini trafiğinin engellenmediği ve A fragmenti’nin perinükleer alana yöneldiği görüntülendi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Hücre içinde F-aktin stabilizasyonu ile G-aktin/F-aktin dönüşümünün engellenmesi difteri toksini trafiğini durdurmamaktadır. Bu sonuç toksin trafiğinde filamentöz aktinin önemini gösteren çalışmaları desteklemektedir.

INTRODUCTION: Actin, the main component of microfilament structure in eukaryotic cells, regulates signaling pathways by interacting with actin binding proteins. Previous studies have shown that depolymerization of filamentous actin(F-actin) occurs following fragment A and actin interaction in diphtheria toxin or mutant diphtheria toxin (CRM-197) infected endothelial cells. In this study, it was aimed to determine intracellular trafficking of diphtheria toxin by providing F-actin stabilization in endothelial cells.
METHODS: Human umbilical vein endothelial cells were cultured and incubated with 0.1 μM jasplakinolide for 30 and 60 minutes respectively. For diphtheria toxin (0.75 nM) treatment, the incubation time with jasplakinolide was limited to 15 minutes. Intracellular F-actin stabilization and diphtheria toxin traffic were visualized by immunofluorescence microscopy.

RESULTS: Depending on the duration of the incubation period, it was determined that the stress fibers were expressed in the cell membrane of the endothelial cells treated with jasplakinolide. It was shown that diphtheria toxin trafficking was not inhibited in F-actin-stabilized endothelial cells and Fragment A was directed to the perinuclear area.

DISCUSSION AND CONCLUSION: Inhibition of G-actin / F-actin steady state turn-over by F-actin stabilization in the cell does not stop diphtheria toxin trafficking. This result supports studies showing the importance of filamentous actin in toxin trafficking.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Malaşit yeşili (MY) tekstil endüstrisi ve kültür balıkçılığında yaygın olarak kullanılan, N-metillenmiş diaminotrifenilmetan bir boyadır. Mikobakteri izolasyonu, spor boyama ve fotodinamik tedavi amaçlı olarak tıbbi mikrobiyolojide de kullanılır. Çevresel tehlikeli kirliliğe neden olan boyaların ortamdan temizlenmesinde mikroorganizmaların kullanımı, günümüzde uygulanan yöntemlere önemli bir alternatiftir. Sunulan araştırmada, insanlar tarafından hidrokarbon atıklar ile kirletilmiş çevrede sıklıkla karşılaşılan Exophiala türlerinin malaşit yeşilini renksizleştirme aktiviteleri araştırılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: MY renksizleştirme aktivitesini incelemek üzere çalışmaya, 109’u Exophiala dermatitidis (69 bulaşık makinası, 33 demiryolu traversi ve 7 klinik kökeni) ve 82’si de Exophiala phaeomuriformis (32 bulaşık makinası ve 50 demiryolu travers kökeni) olmak üzere toplam 191 köken dahil edildi. Kökenlerin agar dilüsyon yöntemi ile MY duyarlılıkları ve renksizleştirme aktiviteleri incelendi. Tüm Exophiala kökenlerinin beyazlatma aktiviteleri 32 μg/mL MY içeren buyyon besiyerinde spektrofotometrik olarak araştırıldı.
BULGULAR: Agar dilüsyon yöntemi ile her iki tür Exophiala kökeninde, MY MIK90 değeri 128 µg/mL olarak bulundu. Göz ile incelemede, en iyi renksizleştime aktivitesi ≥32 μg/mL MY konsatrasyonunda görüldü. Katı besiyerinde yapılan testlerde Exophiala türleri arasında MY renksizleştirme oranları yönünden farklılık saptanmadı (p>0.05). Spektrofotometrik olarak yapılan renksizleştirme aktivitesi karşılaştırmalarında da, Exophiala türleri ve izolasyon bölgeleri arasında fark saptanmadı (p>0.05). Tüm kökenler arasında, bulaşık makinasından izole edilen bir E. dermatitidis kökeni %62.6 ile en yüksek renksizleştirme oranını gösterdi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Exophiala cinsi gibi esmer mantarlarda görülen renksizleştirme potansiyeli ve çevresel ortamlardaki toksik boyaların biyolojik yıkımlarında uygulanabilirliği daha ileri araştırmalar ile değerlendirilmelidir.

INTRODUCTION: Malachite green (MG), an N-methylated diaminotriphenylmethane dye, is widely used in aquaculture, textile industry, and various microbiological techniques including mycobacterial isolation, spore dying, and photodynamic therapy. The use of microbes for the removal of environmentally hazardous dyes is emerging as a promising alternative to the current treatments. In this study, MG-degradation activity of Exophiala species, which is regularly encountered in human-made, hydrocarbon-polluted environments, has been examined.
METHODS: The susceptibility of the strains to MG and the activities of decolorization with agar dilution method were investigated. A total of 191 Exophiala [109 Exophiala dermatitidis (69 dishwasher, 33 railway sleeper, and 7 clinical isolates) and 82 Exophiala phaeomuriformis (32 dishwasher and 50 railway sleeper isolates)] strains were included into the study. MG sensitivities and decolorization activities of the strains were tested by agar dilution method. Decolorization activities of all Exophiala strains were investigated spectrophotometrically in broth medium containing 32 μg/mL MG.
RESULTS: In both Exophiala species, the MG MIK90 value was found as 128 μg/mL by the agar dilution method. On unaided visual evaluation, the best decolorization activity was seen in ≥32 μg/mL MG concentration. There was no difference in decolorization rates of MG between Exophiala species in agar based-medium tests (p>0.05). In comparison of the spectrophotometric ratio of decolorization activity, no difference was found between Exophiala species and isolation regions (p>0.05). Among all strains, an E. dermatitidis isolated from the dishwasher showed the highest decolorization ratio as 62.6%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The decolorization potential of black yeasts such as Exophiala species and its applicability in the biodegradation of toxic dyes in environment should be further investigated.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Konağa yerleşen mikroorganizmaların üremeleri, virulans ve antibiyotiklere duyarlılık da dahil olmak üzere tüm özellikleri konak koşulları tarafından kontrol edilir. Çalışmamızda bir konak faktörü olarak östradiol, insülin ve norepinefrinin farklı mikroorganizmaların (Üropatojen E. coli C7, Candida albicans SC5314, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Metisiline dirençli Staphylococcus auerus (MRSA) ATCC 43300 ve Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853) üremesi üzerine etkilerinin in vitro olarak belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu amaçla, mikroorganizmalar hormonların farklı konsantrasyonlarını içeren ve içermeyen (kontrol) besiyerlerinde (Triptik soy buyyon ve Sabouraud dekstroz buyyon) üretilmişlerdir. Mikroorganizmaların üremeleri spektrofotometre ile 4., 6. ve 24. saatlerde ölçülerek belirlenmiştir. Üremelerin istatistiksel değerlendirilmesinde çift yönlü ANOVA Bonferroni post-test kullanılmıştır.
BULGULAR: Çalışmamızda denenen tüm hormon konsantrasyonlarının 6 saat inkübasyon sonunda E. faecalis üremesini kontrol besiyerine göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde baskıladığı, C. albicans üremesinin hormon ilave edilen besiyerlerinde 24 saat inkübasyonda anlamlı şekilde değiştiği (200 µU/mL insülin ve 20 pg/mL östradiolda azalma; 150 pg/mL ve 400 pg/mL östradiol ile 1700 pg/mL, 7500 pg/mL ve 40000 pg/mL norepinefrinde artma) belirlenmiştir. Buna karşın denenen hormonların MRSA, P. aeruginosa ve UPEC suşlarının üremesi üzerine herhangi bir etkisi olmadığı görülmüştür (p> 0.05).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Memeli hormonlarının mikroorganizmaların davranışları üzerinde de etkilerinin gösterilmesi ile konakta çevresel bir unsur olarak infeksiyon patogenezini belirledikleri vurgulanmaktadır. Çalışmamızdan elde edilen sonuçlar ile farklı konsantrasyonlardaki hormonların mikroorganizmaların üremelerinde çeşitli etkilere sahip olduğu desteklenmektedir. Bu ve benzeri çalışmalar, hormonların insanda infeksiyon sürecini doğrudan belirlediğini göstermektedir.

INTRODUCTION: All characteristics of microbes colonized in host including growth, virulence and antibiotic susceptibilities are controlled by host conditions. In our study, it has been aimed to reveal the effects of estradiol, insulin, norepinephrine as a host factor on growth of various microorganisms (Uropathogenic E.coli C7, Candida albicans SC5314, Enterococcus faecalis ATCC 29212, Methicillin resistant Staphylococcus auerus (MRSA) ATCC 43300 and Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853) as an in vitro study.
METHODS: For this purpose, microorganisms were grown in different media (Tryptic Soy Broth and Sabouraud Dextrose Broth) supplemented with/without various concentrations of hormones. Growths were measured in 4th, 6th and 24th hours period by a spectrophotometer. Statistical analysis of growths were determined by using two-way ANOVA Bonferroni post-test.
RESULTS: All hormone concentrations were shown to reduce the growth of E.faecalis significantly at 6 hours incubation. The growth of C. albicans was found to be altered (reducement in presence of 200µU/mL insulin and 20pg/mL estradiol; enhancement in presence of 150pg/mL and 400pg/mL estradiol & 1700pg/mL, 7500pg/mL and 40000pg/mL norepinephrine) in the presence of different hormones. Besides there is no statistically significant difference of any hormones tested on the growth of MRSA, P. aeruginosa and UPEC (p > 0.05).
DISCUSSION AND CONCLUSION: It has been emphasized that, mammalian hormones determine the pathogenicity of infectious diseases as an environmental factor because they are known to affect microorganisms’ behaviors as well. Our results have supported that, different concentrations of hormones have various effects on growths of microorganisms. All these studies showed that, hormones determine the infectious processes directly in human.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Giardia intestinalis flagellalı, giardiyaz’a neden olan bir protozoondur ve dünya çapında önemli bir sorundur. Moleküler yöntemlerle sekiz farklı genotipi saptanan G. intestinalis’de, A ve B genotipinin, insan ve memelilerde hastalıklarla ilişkili olduğu ve farklı genotiplerin, farklı klinik tablolar meydana getirebildiği bildirilmektedir. Bizde bu bilgiler ışığında, giardiyaz tanısı almış ve G. intestinalis pozitif saptanan dışkı örneklerinde bulunan G. intestinalis genotiplerinin dağılımını real-time PCR yöntemi ile belirlemeyi ve moleküler epidemiyolojik bir veri sunmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2016-Ocak 2018 tarihleri arasında, hem nativ, hem de lugol ile mikroskobik olarak incelenen dışkı örnekleri içinde G. intestinalis kist ve/veya trofozoit’i pozitif bulunan 50 G. intestinalis pozitif hastanın dışkı numuneleri çalışmaya dahil edildi. Dışkı örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirildikten sonra genotip A ve genotip B için spesifik primerler kullanılarak real-time PCR ile analiz edildi.
BULGULAR: Çalışmamıza dahil edilen 50 giardiyaz tanılı hastanın dışkı örneklerinde, 28’inde (%56) A genotipi saptanırken, 17’sinde (%34) B genotipi ve 5’inde (%10) ise hem A, hemde B genotipi bulundu. Cinsiyete göre saptanan genotipler incelendiğinde erkeklerde ve bayanlarda sırasıyla 25 (%50) ve 25 (%50) olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak çalışmamız ile ülkemizde giardiyaza neden olan ama ayrımı sadece moleküler yöntemlerle ortaya konabilen G. intestinalis genotipleri incelenerek, G. intestinalis’in A genotipinin, B genotipine oranla biraz daha fazla olduğu belirlendi. Ülkemizde G. intestinalis’in moleküler epidemiyolojisine yönelik veriler sınırlıdır. Bu çalışmanın buna katkı sağlayacağı kanaatindeyiz.

INTRODUCTION: Giardia intestinalis is a protozoa with flagellated, causing giardiasis, and is a major problem worldwide. In G. intestinalis, which identifies eight different assemblages via molecular methods, it is reported that the assemblage A and B are related to diseases in humans and mammals and others assemblages can cause different clinical tables. In this study, we aimed to determine the distribution of G. intestinalis assemblages in stool specimens of G. intestinalis positive patients by real-time PCR and to present a molecular epidemiological data.
METHODS: Between January 2016 and January 2018, stool samples from fifty G. intestinalis cysts and / or trophozoites positive patients were included. Stool specimens examined microscopically with both native and lugol. DNA isolation from stool specimens was performed and then analyzed by real-time PCR using specific primers for assemblage A and assemblage B.
RESULTS: In stool samples of fifty giardiasis patients included in our study, 28 (56%) were found assemblage A, 17 (34%) were found assemblage B and 5 (10%) were found both assemblages. When assemblages checked by sex, 25 (50%) and 25 (50%) were found in males and females respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In conclusion, we investigated G. intestinalis assemblages which cause giardiasis in our country but these assemblages can only be distinguished by molecular methods. we found that G. intestinalis assemblage A is slightly higher than assemblage B. In our country, the data on the molecular epidemiology of G. intestinalis assemblages is very limited. We believe this work will contribute to this.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Son yıllarda nozokomiyal enfeksiyon etkenleri arasında ilk sıralarda yer alan Enterococcus faecium izolatlarının artan çoklu antimikrobiyal direnç gelişimi, özellikle virulans faktörleri gibi birçok özelliğinin daha ayrıntılı incelenmesi gerektiğini ortaya koymuştur. Çalışmada, vankomisine dirençli E. faecium (VREfm) izolatlarının virulans faktörlerinin, direnç genlerinin ve genotipik benzerliklerinin incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: ....Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş olan ve fenotipik olarak vankomisine dirençli bulunan 37 adet Enterococcus faecium izolatı incelenmiştir. İzolatların tanımlaması ve in vitro antimikrobiyal duyarlılık testleri Vitek-2 otomatize sistemi (BioMérieux, ABD) ile yapılmıştır. Vankomisine ve teikoplanine direnç durumları sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile incelenmiştir. Vankomisin direnç genleri vanA, vanB ve virulans genleri esp, gelE, hyl, cylA ve asa1 genleri PCR ile araştırılmıştır. Biyofilm üretimi fenotipik olarak Kongo Red Agar (CRA) yöntemi ile belirlenmiştir. Klonal ilişkinin belirlenmesi için RAPD-PCR yöntemi kullanılmıştır.
BULGULAR: İzolatların tümü vankomisin ve teikoplaninin yanı sıra tetrasiklin, norfloksasin, eritromisin, siprofloksasin, ampisiline dirençli, linezolide duyarlı bulunmuştur. Biyofilm üretimi tüm izolatlarda gözlenmiştir. İzolatların tümünün vanA geni ve vankomisin-teikoplanin direnci ile karakterize vanA fenotipine sahip olduğu görülmüştür. esp, gelE ve hyl genleri sırasıyla %62.2, %2.7 ve %27 oranlarında bulunmuştur; vanB, asa1 ve cylA genleri ise hiçbir izolatta saptanmamıştır. RAPD-PCR ile genotipleme analizinde izolatların 3 ana RAPD grubu belirlenmiştir. esp geni taşıyan 23 izolatın tamamı dominant olan RAPD grubunda yer almaktadır. Genotipik olarak izolatların yakınlık derecesi değerlendirildiğinde yakın gruplar arasında homojenite gözlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: VREfm’ nin spesifik klonları ve virulans genleri arasında bir ilişki bulunamamıştır, ancak izolatlarda esp oranının yüksek oluşu bu genin bakterinin patojenitesi üzerinde etkili olduğunu düşündürmektedir.

INTRODUCTION: Recently enterococci are leading causes of nosocomial infections worldwide and have increased antimicrobial resistance. E. faecium has a rising prevalence in recent years and exhibits multidrug resistance. Therefore investigation of characteristics such as virulence factors is required for infection control and prevention. The aim of this study was to investigate virulence factors, resistance genes and genotypic similarities in vancomycin resistant E. faecium (VREfm) isolates.
METHODS: The study included 37 VREfm isolates collected from various clinical specimens in microbiology laboratory of.... Hospital. The presence of vancomycin resistance genes vanA, vanB and virulence genes esp, gelE, hyl, cylA and asa1 were determined by PCR. Biofilm formation was also tested with Congo Red Agar method. RAPD-PCR was performed for clonal relationship among the isolates. All of the isolates were resistant to vancomycin, teicoplanin, tetracycline, norfloxacin, eritromycin, ciprofloxacin, ampicillin and were susceptible to linezolid.
RESULTS: The biofilm detection was considered as positive for all of them. All of isolates had the vanA gene and vanA phenotype characterised by resistance to vancomycin and teicoplanin. esp, gelE and hyl genes were detected in 62.2%, 2.2% and 27% of all isolates respectively. vanB, asa1 and cylA genes were not detected in any of isolates. Genotyping analysis of isolates by RAPD-PCR showed 10 different patterns and three main RAPD groups.
DISCUSSION AND CONCLUSION: All isolates were genotypically evaluated homogeneity was observed between close groups. The isolates showed high positivity for esp suggesting that esp may be important for the virulence process of VREfm.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Human Papillomavirüs (HPV), papillomaviridae ailesinde yer alan çift iplikli sirküler DNA içeren bir virüstür. Servikal kanserlerin % 99.7’sinde bulunduğu gösterilmiştir.Ülkemizden ve dünyanın değişik bölgelerinden yapılan çalışmalarda farklı prevalans yüzdeleri elde edilmiştir. Çalışmamız, HPV'nin bölgemizdeki prevalansını ve tip dağılımını belirlemek amacına yöneliktir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada Ocak 2015- Aralık 2017 tarihleri arasında..................... Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniğine başvuran kadınların, servikal örneklerinde HPV DNA pozitifliği araştırılmıştır. Çalışmaya 14-83 yaş arası 368 kadın dahil edilmiştir. Revers hibridizasyon ve PCR teknikleri kullanılmıştır. Veriler geriye dönük olarak incelenmiştir.
BULGULAR: Çalışmaya dahil edilen 368 örnekte HPV DNA pozitifliği % 28.8 (n=106) dir. En sık bulunan genotip ise yüksek riskli HPV 16 dır (%23.5). 30 yaş altı kadınlardaki pozitiflik, 30 yaş üstü kadınlara göre istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksektir (p=0.009)
TARTIŞMA ve SONUÇ: Ülkemizdeki HPV prevalansının doğru olarak belirlenebilmesi için, çok merkezli, daha geniş standardize edilmiş hasta ve kontrol grupları içeren çalışmalara ihtiyaç vardır.

INTRODUCTION: Human Papillomavirus (HPV) is a double-stranded circular DNA virus which belongs to the papillomaviridae family. It has been shown that it was founded in 99.7% of cervical cancers. Different prevalence percentages have been obtained in studies conducted from our country and from different regions of the world. Our study is aimed at determining the prevalence and type distribution of HPV in our region.
METHODS: In this study, HPV DNA positivity of cervical specimens of women who applied to the....................................Obstetrics and Gynecology outpatient clinic between 2015 January and 2017 December was investigated. 368 women aged between 14-83 years were included in this study. Reversed hybridization and PCR techniques were used. Data in our study were investigated retrospectively.
RESULTS: HPV DNA positivity was 28.8% (n = 106) in 368 samples included in this study. The most common genotype was high risk HPV 16 (23.5%). The positivity in women under 30 years was statistically significantly higher than women over 30 years (p = 0.009).
DISCUSSION AND CONCLUSION: In order to determine the HPV prevalence in our country accurately, there is a need for multi-centered studies with larger standardized patient and control groups.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM) çevrede yaygın olarak bulunur ve özellikle immün sistemi baskılanmış insanlarda etken olarak izole edilmektedir. Klasik tüberküloz ilaçlarına büyük oranda dirençli olmaları ve giderek artan sıklıkta izole edilmeleri nedeniyle TDM enfeksiyonlarının doğru ve erken tanısı tedavi başarısı açısından çok önemlidir.
Bu çalışmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi’nde 2012-2016 yılları arasında Mikobakteriyoloji Laboratuvarında çalışılmış ve TDM saptanmış örneklerden elde edilen sonuçlar retrospektif olarak değerlendirilmiş ve yıllar içindeki değişim incelenmiştir.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Mikobakteriyoloji Laboratuvarına gelen örnekler Löwenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960 kültür sistemleri ile çalışılmıştır. Klinik istem olması durumunda bu yöntemler ile TDM saptanan izolatların tür tanımlaması GenoType Mycobacterium CM (Hain Lifescience, Almanya) ile yapılmıştır. Birden fazla kültüründe aynı türün ürediği hastalara ait izolatlar etken kabul edilmiştir.
BULGULAR: 2012-2016 yılları arasında laboratuvara gelen 11804 örnekten, 299’unda TDM üremesi gözlenmiş ve 66’sına tür tanımlaması yapılmıştır. TDM’lerin sıklık sırasına göre tür dağılımında; 41 örnekte Mycobacterium fortuitum ilk sırada gözlenmiş, 11 örnekte Mycobacterium abscessus, altı örnekte Mycobacterium chelonae, beş örnekte Mycobacterium gordonae, iki örnekte Mycobacterium intracellulare ve bir örnekte Mycobacterium kansasii saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: TDM saptanan hastalar örnek alım bölgelerine göre incelendiğinde akciğer örneklerinin çoğunluğu oluşturduğu görülmektedir. Tür tanımlaması yapılan TDM’ler incelendiğinde hızlı üreyen mikobakterilerin ön planda olduğu dikkat çekmektedir.

INTRODUCTION: Non-tuberculous mycobacteria (NTM) are common in the environment and isolated as an etiologic agent, especially in immunocompromised patients. Due to their frequent resistance to classical anti-tuberculosis drugs and their increasing frequency of isolation, the correct and early diagnosis of NTM infections is very important in terms of treatment success. The aim of this study was retrospectively to evaluate the results obtained from the samples of NTM diagnosed in the Mycobacteriology Laboratory of Dokuz Eylül University Hospital between 2012-2016 and to examine the changes over the years.
METHODS: The samples sent to Mycobacteriology Laboratory were studied with Löwenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960 culture systems. In the case of a clinical request, identification of NTM isolates at species level was performed by using a commercial line-probe assay (GenoType Mycobacterium CM; Hain Lifescience, Germany). If the same NTM species was isolated more than once in the clinical specimen of a patient, then it was defined microbiologically as a causative agent.
RESULTS: Out of 11804 clinical specimens sent to the laboratory with the initial diagnosis of tuberculosis in the period 2012 to 2016, NTM were identified in 299 samples. Species identification by GenoType Mycobacterium CM was performed on 66 of the NTM strains. The most frequently identified NTM species was Mycobacterium fortuitum (n=41), followed by Mycobacterium abscessus (n=11), Mycobacterium chelonae (n=6), Mycobacterium gordonae (n=5), Mycobacterium intracellulare (n=2) and Mycobacterium kansasii (n=1).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Respiratory tract specimens were the most frequent specimens when NTM isolated samples evaluated. Rapidly growing NTM species were the most frequent species isolated in our laboratory.

Makale Özeti | Tam Metin PDF