Bebek ve küçük çocukların bağışıklık sistemi tam olarak gelişmemiştir. Bu dönemde beslenme hem büyüme hem de sağlık açısından önem taşımaktadır. Birçok bilimsel çalışmada devam formülleri ve ek gıdalarda patojen veya fırsatçı patojen varlığı belirlenmiştir. Hammadde, üretim, koruma ve tüketim aşamalarında bu gıdaların mikroorganzimalarla kontaminasyonunun engellenmesi gerekmektedir. Bebek ve küçük çocuk gıdalarındaki mikroorganizmaların belirlenmesi olası halk sağlığı riskleri açısından önemlidir. Bu çalışmada, bebek ve küçük çocuk gıdalarında saptanan patojen, fırsatçı patojen mikroorganizmalar ve halk sağlığı riskleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Candida parapsilosis, sistemik kandidoz etkenleri arasında Candida albicans’tan sonra en sık rastlanan Candida türlerinden birisidir. Candida türlerinde eşey tipinin belirlenmesi ve eşeyli üremenin gerçekleştirilmesi, eşey tipi (MTL) gen bölgesi kontrolünde gerçekleşir. Bu bölge, iki farklı eşey tipinde (a ve α) tamamen farklı dizilimlerde olup idiomorf olarak adlandırılır. MTLa idiomorfu a1 ve a2 transkripsiyon faktörlerini kodlarken, MTLα, α1 ve α2 proteinlerini kodlar. Bu genler haricinde her iki idiomorfta da eşeyli üreme ile ilgili işlevleri bilinmeyen PAB, OBP ve PIK genlerinin a ya da α versiyonları vardır. Candida parapsilosis ve yakın ilişkili Candida orthopsilosis ile Candida metapsilosis türlerinde ise, bugüne kadar eşeyli üreme döngüsüne bugüne kadar rastlanmamıştır. Gerçekleştirilen incelemelerde, C. orthopsilosis’in MTLa ve MTLα homozigot ve MTLa/MTLα heterozigot genotiplerini içeren karışık bir popülasyon yapısına sahip olduğu, C. metapsilosis izolatlarının çoğunluğunun ise MTLa/MTLα heterozigot olduğu belirlenmiştir. Buna karşılık, şimdiye kadar incelenen C. parapsilosis izolatlarının hepsinin tek bir eşey tipinde (MTLa) olduğu görülmüştür.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Sunulan çalışmada, Türkiye kaynaklı C. parapsilosis kökenlerinin MTL genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmış ve bu amaçla 167 kan izolatı incelendi. ITS bölgesinin PCR’da çoğaltılarak sekanslanması ile C. parapsilosis olarak identifikasyonu yapılan izolatlar, MTLa1, MTLa2, MTLα1 ve MTLα2 genleri bakımından tarandı.
BULGULAR: PCR sonucunda yalnızca MTLa1 ve MTLa2 genlerine rastlandı; dolayısı ile tüm izolatların MTLa genotipine sahip olduğu belirlendi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bulgular önceki çalışmalarla birlikte değerlendirildiğinde, C. parapsilosis’in MTLα eşey tipinin zaman içerisinde yok olduğu veya henüz araştırılmamış coğrafi bölgelerde varlığını sürdürecek şekilde seyrek olduğu sonucuna varılmıştır.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu retrospektif çalışmanın amacı, 2004 ve 2019 yılları arasında toplum kaynaklı (TK) ve hastane kaynaklı (HK) metisilin dirençli ve duyarlı Staphylococcus aureus (MRSA, MSSA) suşlarının oran ve antimikrobiyal direnç profilinin değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Araştırma kapsamında 2004 yılına ait 210 adet ve 2019 yılına ait 401 adet Staphyloococcus aureus suşunda iki ayrı zaman dilimi araştırma verileri kullanılarak, toplum kaynaklı ve hastane kaynaklı MRSA ve MSSA oranı ve antimikrobiyal direnç profilinin zaman içerisindeki değişimi incelendi.
BULGULAR: 2004 yılında toplum kaynaklı MRSA (%32,4) ve MSSA (%67,6) oranları ile 2019 yıllarıdaki toplum kaynaklı MRSA (%31,6) ve MSSA (%68,4) oranları arasında anlamlı değişim gözlenmezken, HK-MRSA'nın 2004 yılında %56.1, 2019 yılı için %30,7 oranları ile azaldığı, 2004 yılında %43.9 olan HK-MSSA oranının, 2019 yılında %69,3 ile arttığı görüldü. MRSA’larda vankomisin ve teikoplanine karşı direnç gelişmediği gözlenmiştir. Toplum kaynaklı MRSA’ların siprofloksasin, levofloksasin, klindamisin ve gentamisin direnci azalmıştır. Toplum kaynaklı MSSA’ların penisilin direnci artarken, gentamisin direnci azalmıştır. Hastane kaynaklı MRSA’larda, siprofloksasin, levofloksasin, eritromisin, klindamisin ve gentamisin direnci düşüş gösterirken, MSSA’larda da fusidik asit direnci artmış, siprofloksasin, trimetoprim/sülfametoksazol ve eritromisin ve gentamisin direnci azalmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastane kaynaklı MRSA oranlarının 15 yıllık zaman diliminde azaldığı saptanmıştır. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus ve MSSA’da vankomisin ve teikoplanin direnci tespit edilmemiştir. Toplum kaynaklı MRSA ve HK-MRSA’nın siprofloksasin, levofloksasin, klindamisin, gentamisin direnci azalmıştır. Hastanemizde enfeksiyon kontrol ve kısıtlı antibiyogram bildiriminin Metisiline dirençli S.aureus ve MSSA’nın oranı ve antimikrobiyal direnç profilinin yakından izlenmesi bu enfeksiyonların kontrolünün başarısı açısından son derece önemlidir.

INTRODUCTION: The aim of the retrospective study was to evaluate the rate and antimicrobial resistance profile of community-acquired (CA) and hospital-acquired (HA) Methicillin-resistant and -sensitive Staphylococcus aureus (MRSA, MSSA) between 2004 and 2019.
METHODS: Within the scope of the research, the rate of MRSA and MSSA and the change of antimicrobial resistance profile over time were investigated using two research data of 210 Staphylococcus aureus strains from 2004 and 401 from 2019 years.
RESULTS: While the rate of CA-MRSA (32.4%) and CA-MSSA (67.6%) in 2004 with rate of CA-MRSA (%31.6) and CA-MSSA (%68.4) in 2019 did not change significantly between both of years, HA-MRSA prevalence decreased by 56.1% in 2004 and 30.7% in 2019 and HA-MSSA prevalence increased by 43.9% in 2004 and 69.3% in 2019. No resistance to vancomycin and teikoplanin was observed in MRSA. In CA-MRSA, ciprofloxacin, levofloxacin, clindamycin and gentamicin resistance decreased. In CA-MSSA an increase of penicillin resistance as well as a decrease in gentamicin resistance was observed. In HA-MRSA, ciprofloxacin, levofloxacin, erythromycin, clindamycin, gentamicin resistance decreased. Fusidic acid resistance increased and ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole and erythromycin resistance decreased in HA-MSSA.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It was found that the rate of HA-MRSA decreased during the 15-year time frame. Vancomycin or teicoplanin resistance was not observed in MRSA and MSSA. While ciprofloxacin, levofloxacin, clindamycin, gentamicin resistance decreased for both CA-MRSA and HA-MRSA. A closer examination of the prevalence and antimicrobial resistance profiles of these strains is of utmost importance for the successful control of the infections caused by MRSA and MSSA.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada Bacteroides fragilis grubu (BFG) bakterilerin klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline direnç durumlarını saptamak, direnç oluşumundan sorumlu direnç genlerinin dağılımını belirlemek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Hastanemizde Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 82 BFG izolatı MALDI-TOF MS ile tanımlanmış, antimikrobiyallere duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)’in önerdiği agarda dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Aynı izolatlarda, antibiyotik direnç genlerinden tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36 ve ermF varlığı PCR ile araştırılmıştır.
BULGULAR: Batın içi apsesi (n=36), dokudan biyopsi (n=16), kan (n=14) ve diğer steril vücut sıvıları (n=12) gibi çeşitli klinik örneklerden üretilen 82 BFG izolatı tür düzeyinde; Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) ve Parabacteroides distasonis (n=6) olarak tanımlanmıştır. İzolatların %54,9’u klindamisine, %84.1’i tetrasikline, %4.9’u tigesikline dirençli bulunmuş, tür düzeyinde irdelendiğinde B. fragilis suşlarına göre diğer BFG türlerinde direnç daha fazla saptanmıştır. İzolatların sadece %7.3’ü bu üç antibiyotiğe birden duyarlılık sergilemiştir. Klindamisine dirençten sorumlu ermF geni, genel anlamda izolatların %57.3’ünde saptanmış, B. thetaiotaomicron türünde %70.6 ile en yüksek oranda bulunmuştur. Diğer direnç genlerinden tet pozitiflikleri %18.8 den %66.7’e değişen oranlarla türler arasında dağılım göstermiştir. Genel anlamda tetQ gen pozitifliği diğer tet genlerine göre daha fazla bulunmuştur. İzolatların yalnızca %6’sında direnç genlerine rastlanmamıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: BFG izolatlarımızın klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline direnç durumları ve bu antibiyotiklere direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır. Elde ettiğimiz bilgiler, yapmayı hedeflediğimiz BFG türleri içinde veya başka bakteriler arası direnç aktarımı çalışmalarına bir başlangıç oluşturması bakımından önemlidir.

INTRODUCTION: We aimed to determine the resistance of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria to clindamycin, tetracycline and tigecycline and establish the distribution of related resistance genes.
METHODS: In total 82 BFG strains, isolated from different clinical samples between January 2017 and December 2018, were identified by MALDI-TOF MS. Clindamycin, tetracycline and tigecycline MICs were determined using agar dilution methodology (CLSI; M11-A7). The tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36, and ermF genes were detected by PCR.

RESULTS: BFG bacteria, isolated from intra-abdominal abscess (n=36), tissue biopsy (n=16), blood (n=14) and other sterile body fluids (n=12), were identified as Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) and Parabacteroides distasonis (n=6). The resistance rates to clindamycin, tetracycline and tigecycline were 54.9%, 84.1%, 4.9%, respectively. Non-B. fragilis isolates were more resistant than B. fragilis strains. In total 57.3% of the isolates were the ermF gene positive, B. thetaiotaomicron had the highest rate (70.6%). The tet gene positivity ranged from 18.8% to 66.7% among species. tetQ gene positivity was higher than other tet genes. 92.7% of the isolates were resistant to at least one antibiotic, 94% had at least one resistance gene.

DISCUSSION AND CONCLUSION: This study provided data on antimicrobial resistance of our BFG isolates to clindamycin, tetracycline and tigecycline and the related resistance genes. However, it could also be a starting point for the further investigation of the antibiotic resistance mechanisms of the Bacteroides species, as well as, resistance transfer among BFG isolates and to other bacteria.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Özellikle son 10 yılda Enterobacterales üyeleri arasında karbapenem direnci artan sıklıkta rapor edilmeye başlanmıştır. Karbapenemaz üreten izolatların taranması ve saptanması, hem tedavinin doğru yönlendirilebilmesi hem de yayılımın önüne geçilebilmesi açısından önem taşımaktadır. Çalışmamızda hastanemiz Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örneklerden ardışık olarak soyutlanan karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarının karbapenemaz tipleri ve moleküler epidemiyolojik ilişkilerinin saptanması amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Temmuz- Eylül 2014 tarihleri arasında Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örneklerden soyutlanan toplam 32 adet Karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatı çalışmaya alındı. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması klasik yöntemlere ek olarak BD Phoenix ID/ AST otomatize sistemi ile yapıldı. İzolatların karbapenemaz tipleri (blaOXA-48, blaNDM, blaIMP, blaKPC, blaVIM ve blaGES) PCR ile araştırıldı. İzolatlar arasındaki klonal ilişki PFGE ile değerlendirildi.

BULGULAR: Bulgular: 18 izolatın yoğun bakım ünitelerinden, 9 izolatın servislerden ve 5 izolatın polikliniklerden gönderilen örneklerden izole edildikleri görülmüştür. İzolatların tümünde blaOXA48 geni pozitif olarak saptanmış, diğer karbapenemaz genleri bulunmamıştır. Hastanemizde 32 farklı hastadan üretilen izolatların A-L olarak adlandırılan 12 farklı PFGE pulsotipine sahip olduğu belirlendi. Bunlar arasında en fazla görülenler B (n=18) ve bununla yakın ilişkili B1 paterni (n=2) idi. Geriye kalan izolatlar, birbirinden farklı olan 11 tiple temsil edildi. Salgından sorumlu B pulsotipine sahip ilk izolatın Genel Yoğun Bakım ünitesinden kaynaklanarak yayılım göstermiş olduğu görüldü.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarının hastanede yayılımı muhtemelen gastrointestinal kolonizasyonu olan hastalardan, hastane çalışanları aracılığıyla diğer hastalara izolatların transferi yoluyla gerçekleşmektedir. Bu nedenle aktif sürveyans programları ile kolonizasyonun saptanarak temas izolasyonu ve etkin enfeksiyon kontrol önlemlerinin uygulanması yoluyla hastanelerde izolatların yayılımı sınırlandırılabilir.

INTRODUCTION: Carbapenem resistance has been reported with increasing frequency among Enterobacterales members, especially in the last 10 years. Screening and detection of carbapenemase-producing isolates is important in terms of both directing the treatment and preventing spread. In our study, it was aimed to determine the carbapenemase types and molecular epidemiological relationships of carbapenem resistant K. pneumoniae isolates, which were isolated sequentially from the samples sent to the Microbiology laboratory.
METHODS: A total of 32 Carbapenem resistant K. pneumoniae isolates isolated from the samples sent to the Microbiology laboratory in the study. Identification of isolates at species level was made with automated system and classical methods. Carbapenemase types of the isolates were investigated by PCR. The clonal relationship between the isolates was evaluated with PFGE.
RESULTS: It was observed that 18 isolates were isolated from intensive care units, 9 isolates from services and 5 isolates from samples sent from polyclinics. The blaOXA48 gene was found to be positive in all of the isolates and other carbapenemase genes were not found.
It was determined that isolates produced from 32 different patients in our hospital had 12 different PFGE pulsotypes called A-L. The most common among these were B and closely related B1 pattern. The remaining isolates were represented by 11 different types.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The spread of carbapenem resistant K. pneumoniae isolates in the hospital is probably through the transfer of isolates from patients with gastrointestinal colonization to other patients through hospital staff. Therefore, the spread of isolates in hospitals can be limited by infection control measures.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışma, ASYE nedeniyle hastanemizde tedavi gören çocuk hastalardan saptanan RSV suşlarının genotipini belirlemek ve moleküler ilişkilerini değerlendirmek amacıyla yapılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Aralık 2012-Mayıs 2013 tarihlerinde,.........................’nde ASYE olan 72 hastadan nazofarengeal sürüntü alınmıştır. Gerçek-zamanlı PCR (RealStar RSV RT-PCR, Altona Diagnostics) yöntemiyle 28 RSV A ve bir RSV B izole edilmiş; RSV A suşlarının 20’sinin RSV G geninin bir bölümüne dizi analizi uygulanmıştır. Nükleotid dizileri ClustalX programı (sürüm 2.1) ile analiz edilmiştir. Filogenetik ağaç MEGA (sürüm 6.06) yazılımı kullanılarak neighbor-joining yöntemiyle oluşturulmuştur.
BULGULAR: Hastaların ortanca yaşı 35 gün (8–6061) olarak belirlenmiştir. Dizi analizi yapılan 20 izolat RSV A genotip GA2 olarak tiplendirilmiştir. Onbir RSV A izolatı birbiri ile identik bulunmuş; bunların altısının hastane kaynaklı beşinin ise toplum kaynaklı RSV enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. İdentik olan ve nozokomiyal enfeksiyon düşünülen altı hastanın dördünün yenidoğan yoğun bakım ünitesinde (prematür), birinin yenidoğan kliniğinde, birinin ise pediatrik hematoloji onkolojik kliniği’nde olduğu tespit edilmiştir. Enfeksiyonun tespitiyle standart izolasyon önlemleri gözden geçirilmiş ve virüsün yayılması önlenmiştir.
Dizileme yapılan tüm hastalar bölgemizde yaşamaktaydı. Toplum kaynaklı enfeksiyonu olan hastalardan beşinin identik suşla enfekte olduğu ancak dokuz hastanın bunlardan filogenetik olarak farklı suşlarla enfekte olduğu görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastanemizde çocuklarda nozokomiyal ve toplum kaynaklı RSV A enfeksiyonlarına yol açan suşlar GA2 alt tipindedir. Bölgemizde toplum kaynaklı enfeksiyonlarda identik suşlar saptanmış ve bu suşlar nozokomiyal enfeksiyonlara da yol açmıştır. Nozokomiyal enfeksiyon açısından riskli kliniklerde RSV enfeksiyonlarının sıklığının takibi, moleküler mikrobiyolojik analizlerin yapılması ve standart izolasyon önlemlerinin uygulanması önemlidir.

INTRODUCTION: This study aimed to define the genotype of RSV strains in pediatric patients with Lower Respiratory Track Infections (LRTI) and to evaluate their molecular relationships.
METHODS: Nasopharyngeal swab samples were obtained from 72 patients with LRTI between December 2012 and May 2013 in the Pediatric Health and Diseases Department of............... Hospital. Twenty eight RSV A and one RSV B isolates were obtained by real-time PCR (RealStar RSV RT-PCR, Altona Diagnostics) method. The part of the G gene was sequenced for genotyping of 20 RSV A strains. Nucleotide sequences were analyzed with the ClustalX program (version 2.1). The phylogenetic tree was constructed by the using the MEGA (version 6.06) software.
RESULTS: The median age of patients were 35 days (range: 8–6061). All isolates of RSV A were identified as genotype GA2. Eleven isolates were identical; six of them were hospital-acquired and five were community-acquired RSV infections. Six patients were considered to have nosocomial infections, four of them were in the Neonatal Intensive Care Unit (premature), one was in the Neonatal Clinic and one was in the Pediatric Hematology-Oncology Clinic. Five of the eleven identical isolates were identified from patients with community-acquired infections.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Nosocomial and community-acquired RSV infections are RSV A GA2 subtype in our hospital. Identical strains can be detected in community acquired infections in the same region; these strains can also cause nosocomial infections. Monitoring of RSV infections, detecting of genotype with molecular microbiological analysis and applied standard isolation precautions is important in clinics at increased risk for nosocomial infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, kan ve oral kavite örneklerinden soyutlanan Candida albicans suşlarında, konak hücre membranlarındaki fofolipitleri parçalayan fosfolipaz B1, B2, C1 ve D1 aktivitesinin incelenmesi ve grup farklılıklarının araştırılması amaçlandı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Suşların fosfolipaz aktivitesi, plak yöntemi ve ters transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (RT-PZT) ile araştırıldı.
BULGULAR: Plak yöntemi ile kan ve oral kavite suşlarının sırasıyla 26(%86.7)’sı ve 24(%80.0)’ünde fosfolipaz aktivitesi belirlendi. Grupların fosfolipaz olumluluk oranları karşılaştırıldığında anlamlı bir fark gözlenmedi (χ2=0,48;p=0.49) ancak Pz ortalamaları (0.6138±0.9823, 0.6988±0.9910) arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0.007). RT-PZT ile kan ve oral izolatların tümünde (%100) PLB1, sırasıyla 29(%96.7) ve 30(%100.0)’unda PLB2, 27(%90.0)’si ve 22(%73.3)’sinde PLC1, 27(%90.0) ve 21(%70.0)’inde ise PLD1 ekspresyonu belirlendi. PLB1 ekspresyonu açısından iki grup arasında anlamlı bir fark saptanmazken (t=-0.307; p=0.760), PLB2 ekspresyonu kan izolatlarında anlamlı derecede yüksek bulundu (p=0,043). PLC1 ekspresyon düzeyi oral suşlarda anlamlı derecede yüksek (p<0.001) saptanırken, PLD1 ekspresyonu açısından iki grup arasında istatistiksel fark izlenmedi (p=0,732). PLB1, PLB2, PLC1 ve PLD1 ekspresyonunun fenotipik yöntemle sırasıyla %100, %81.7, %71.6, %76.7 oranlarında; tüm genlerin ekspresyonu dikkate alındığında da %83.3 uyumlu olduğu görüldü. Pz değerleri ile fosfolipaz genlerinin ekspresyon düzeyleri arasında bir korelasyon saptanmadı (sırasıyla p=0,602; p=0,555; p=0,241; p=0,096).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamıza alınan C. albicans izolatlarında yüksek oranlarda fosfolipaz aktivitesinin belirlenmesi, bu enzimlerin üretiminin virulans açısından önemli bir rol oynadığını desteklemekte olup; bulgularımız doğrultusunda PLB2 ve PLC1 enzimlerinin sırasıyla invaziv ve oral enfeksiyonlarda daha etkin olduğu söylenebilir ancak bu konuda daha geniş kapsamlı çalışmalara gereksinim söz konusudur.

INTRODUCTION: : In this study, investigation and comparison of phospholipase B1, B2, C1 and D1 activity in C.albicans strains isolated from blood cultures and oral cavity specimens were aimed.
METHODS: Phospholipase activity of the strains was examined by plate method and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PZT).
RESULTS: Twenty six(86.7%) and 24(80.0%) of the strains isolated from blood and oral cavities revealed phospholipase activity by plate method, respectively. No statistically significant difference (χ2=0,48;p=0,49) was observed between the groups. However statistical difference was determined between the mean Pz values (0.6138±0.9823; 0.6988±0.9910)(p=0,007). PLB1 expression was detected in all (100%), PLB2 in 29(96.7%) and 30(100.0%), PLC1 in 27(90%) and 22(73.3%), PLD1 in 27(90.0%) and 21(70.0%) of blood and oral strains, respectively. While no significant difference was detected between the PLB1 expression values of the groups (t=-0.307;p=0.760), PLB2 and PLC1 expressions were found to be significantly higher in blood (p=0,043) and oral isolates (p<0.001),respectively. No difference was observed between the PLD1 expressions (p=0,732). PLB1, PLB2, PLC1 and PLD1 expressions were 100%, 81.7%, 71.6% and 76.7% in agreement with the plate method. The agreement was 83.3% when all the phospholipase genes were considered. No correlation was detected between the Pz values and phospholipase expressions (p=0.602;p=0,555;p=0.241;p=0,096,respectively).
DISCUSSION AND CONCLUSION: The high rates of phospholipase activity of the C.albicans isolates in our study, support the important roles that these enzymes play in virulence. Our results may indicate that phospholipase enzymes encoded by PLB2 and PLC1 genes play more important roles for invasive and oral infections, respectively; however large scale studies are needed.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Helicobacter pylori akut ve kronik gastrit, ülser ve gastrik kanser gibi önemli gastroduodenal patolojilerin gelişmesine neden olan önemli bir patojen olup dünya nüfusunun yaklaşık yarısını enfekte ettiği tahmin edilmektedir. Bu çalışmada Ocak 2015-Aralık 2019 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı Seroloji/ELISA laboratuvarına gastroduodenal şikayetler ile başvuran hastalardan alınan gaita örneklerinde H. pylori antijen varlığı araştırılarak, beş yıllık verilerin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2015-Aralık 2019 tarihleri arasında, gastroduodenal şikayetler ile hastaneye başvuran 4696 hastanın gaita örneği monoklonal antikor içeren immunokromotografik H.pylori dışkı antijen testi kullanılarak incelendi.
BULGULAR: Beş yıllık sürede retrospektif olarak incelemeye alınan, 4696 hastanın 1176’sında(%25) H. pylori test sonucu pozitif bulunurken, 3520’sinde(%75) negatif bulunmuştur. 986 çocuğun 210’unda (%21.30), 3710 erişkinin ise 966’sında (%26.04) H. pylori pozitif saptanmıştır. H. pylori saptanma oranı yetişkinlere göre istatistiksel olarak anlamlı derecede düşük bulunmuştur(p: 0.002). 30-39 yaş aralığında H. pylori pozitifliği diğer yaş gruplarına göre daha yüksek saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışma sonuçlarımız son yıllarda yapılan prevalans çalışmaların sonuçlarına göre daha düşük bulunmuş olsa da H. pylori’nin gastroduodenal şikayetleri olan tüm yaş gruplarında önemli bir patojen olduğu ve toplum içerisinde izlenmesi gerektiği kanaatine varılmıştır.

INTRODUCTION: Helicobacter pylori is an important pathogen that causes the development of important gastroduodenal pathologies such as acute and chronic gastritis, ulcer and gastric cancer. This pathogen is estimated to infect about half of the world’s population. In this study, it was aimed to evaluate the five-year data retrospectively by investigating the presence of H. pylori antigen in stool samples taken from patients who applied to Istanbul University-Cerrahpaşa Medical Faculty Medical Microbiology Department Serology / ELISA laboratory with gastroduodenal complaints between January 2015 and December 2019.
METHODS: Stool specimens of 4696 patients admitted to the hospital with gastroduodenal complaints between January 2015 and December 2019 were analyzed using an immunochromotographic H.pylori stool antigen test containing monoclonal antibodies.
RESULTS: While 1176 (25%) of 4696 patients who were examined retrospectively in a five-year period had positive H. pylori test results, 3520 (75%) were found negative. H. pylori was found to be positive in 210 (21.30%) of 986 children and 966 (26.04%) of 3710 adults. While H. pylori detection rate was found to be significantly lower than adults (p: 0.002). H. pylori positivity was found higher in the 30-39 age range compared to other age groups.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Although current study results showed a lower prevalence compared to recent studies, it has been concluded that H. pylori is an important pathogen in all age groups with gastroduodenal complaints and should be monitored in the community.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Santral sinir sistemi (SSS) enfeksiyonları, erken tanı/tedavinin kritik derecede önemli olduğu, ciddi sekellere sebep olabilen bir klinik tablo olup virüsler, saptanan başlıca etkenler arasındadır. Santral sinir sistemi enfeksiyonlarının belirlenmesinde nükleik asit testleri altın standart olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada son on yılda Türkiye’de beyin-omurilik sıvısı (BOS) örneklerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle viral etkenlerin araştırıldığı çalışmalar değerlendirilmiştir ve bibliyometrik analizi yapılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu amaçla 1.1.2010 ve 1.1.2020 tarihleri arasında iki ulusal (Ulakbim, Dergipark) ve dört uluslararası (PubMed, Google Scholar, Scopus, Web of Science) veri tabanına ek olarak iki ulusal ve iki uluslararası kongre bildirileri taranmıştır.
BULGULAR: Çalışmaya toplam 33 çalışmadan 12669 BOS örneği dâhil edilmiştir. En fazla yayın yapan dergi dört çalışmayla Mikrobiyoloji Bülteni’dir. En çok BOS örneği İzmir’de toplanmış (5566), en fazla yayını dörder çalışmayla Ankara, Ege ve Hacettepe Üniversiteleri yapmıştır. Yapılan çalışma sayısı yıllarla artış eğilimindedir. Çalışmalarda saptanan başlıca viral etkenlerin yüzdelerinin aritmetik ortalamaları enterovirüs, herpes simpleks virüs, insan herpesvirüs 6 ve 7, adenovirüs, Epstein-Barr virüs, sitomegalovirüs, varisella zoster virüs, insan parechovirüs ve parvovirüs B19 için sırasıyla %2,64, %2,58, %1,90, %0,41, %1,71, %1,57, %1,24, %0,83, %0,47 ve %0,05 olarak hesaplanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Yapılan bibliyometrik analiz ile Türkiye’deki viral SSS enfeksiyonları sıklığına dair yapılan araştırmaların son on yıldaki durumu incelenmiş ve saptanan etkenler değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler konunun bilimsel literatürdeki yerinin tanımlanmasında ve moleküler yöntemlerin kullanımının arttığı, klinikle eşgüdümlü, yeni ve daha güvenilir epidemiyolojik verilerle karşılaştırılmasında yararlı olacaktır.

INTRODUCTION: Central nervous system (CNS) infections are a clinical manifestation in which early diagnosis/treatment is critical and can cause serious sequelae with viruses being among the main factors detected. Nucleic acid tests are used as the gold standard in determining CNS infections. In this study, studies from Turkey investigating viral agents from cerebrospinal fluid (CSF) samples by polymerase chain reaction method in the last decade have been evaluated and a bibliometric analysis was conducted.
METHODS: For this purpose, two national (Ulakbim, Dergipark) and four international (PubMed, Google Scholar, Scopus, Web of Science) databases as well as two each national and international congress abstracts between 1.1.2010-1.1.2020 were searched.
RESULTS: 12669 CSF samples from 33 studies in total were included. The highest number of publications was identified in Mikrobiyoloji Bulteni (4). The highest number of CSF samples was collected in Izmir (5566). Ankara, Ege, and Hacettepe Universities conducted the highest number of studies (4 each). The number of studies tends to increase over the years. The arithmetic means of the percentages calculated for enterovirus, herpes simplex virus, human herpesvirus 6, human herpesvirus 7, adenovirus, Epstein-Barr virus, cytomegalovirus, varicella-zoster virus, human parechovirus, and parvovirus B19 were 2.64%, 2.58%, 1.90%, 0.41%, 1.71%, 1.57%, 1.24%, 0.83%, 0.47%, and 0.05%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The bibliometric analysis provides a picture regarding CNS infections accompanied by the viral factors evaluated. It can be both useful in describing its impact in scientific literature and compared with the new and more reliable epidemiological data obtained by clinical coordination and the increased use of molecular techniques.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Makale Özeti | Tam Metin PDF