Çeşitli hücre popülasyonlarının özelliklerinin hızlı bir şekilde analizine olanak sağlayan akım sitometri sistemlerinde, verilerin doğru değerlendirilmesi büyük oranda kullanıcı deneyimi gerektirir. Bu derlemede, akım sitometride veri analizinin ilk ve temel basamağı olan kapı alma, kapılanan hücrelere ait verilerin görüntülenmesinde kullanılan grafikler ve istatistiksel ölçümler tanımlanmış ve veri
analizinde göz önünde bulundurulması gereken özellikler vurgulanmıştır.

Accurate evaluation of data in flow cytometry systems which allow rapid analysis of many features of various cell populations, mostly require user’s experience. In this review, gating which is the first and basic step of data analysis, graphics used for presentation of data of gated cells and statistical measurements were defined and features to be taken into consideration in data analysis were highlighted.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: İnfluenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonunun virolojik tanısı için revers transkriptaz-polimeraz zincir tepkimesi (RT-PCR) yöntemi referans test olarak kabul edilmektedir. Ancak yüksek maliyet, özel altyapı ve deneyimli personel gereksinimi nedeniyle yalnızca belirli laboratuvarlarda kullanılabilmektedir. Bu nedenle influenza virus enfeksiyonlarının tanısında hızlı antijen testleri sıklıkla kullanılmaktadır. Hızlı antijen testlerinin mevsimsel influenza tanısındaki duyarlılık ve özgüllüklerinin değişken olduğu bilinmektedir. 2009 yılında influenza A (H1N1) pdm09 virusunun ortaya çıkması ile birlikte, bu testlerin performanslarının yine değerlendirilmesine gereksinim duyulmuştur. Bu çalışmanın amacı, influenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonu tanısında hızlı antijen testlerini, gerçek zamanlı
RT-PCR ile karşılaştırarak, testin duyarlılık, özgüllük ve prediktif değerlerini belirlemektir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada, Kasım 2009 - Ocak 2010 aylarında, çocuklardan alınan 68 nazofarengeal aspirat, hızlı antijen tanı testi ile influenza A açısından ve gerçek zamanlı RT-PCR ile hem influenza A/B hem de influenza A (H1N1) pdm09 virüsü yönünden incelendi. Sonuçlar, antijen testinin performans özeliklerini belirlemek amacıyla karşılaştırıldı.
BULGULAR: Hızlı antijen testi 26/68 (%38.2) örnekte pozitif iken, 40 örnek influenza A/B RT-PCR testinde influenza A pozitif, 41 örnek ise influenza A (H1N1) pdm09 pozitif bulundu. Hızlı antijen tanı testinin, influenza A/B RT-PCR testine göre duyarlılığı %62.5, özgüllüğü %96.2, influenza A (H1N1) pdm09 RT-PCR testine göre duyarlılığı %63.4, özgüllüğü %100 olarak hesaplandı. Antijen testinin, influenza
A (H1N1) pdm09 RT-PCR testine göre pozitif prediktif değeri (PPD) %100, negatif prediktif değeri (NPD) %64.2 idi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma hızlı antijen testinin, salgın durumunda pediyatrik hasta grubunda influenza A (H1N1) pdm09 enfeksiyonunun tanısında yardımcı olabileceğini göstermiştir. Ancak, duyarlılığın düşük olması nedeniyle negatif örneklerin RT-PCR ile doğrulanması gereklidir.

INTRODUCTION: Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) is accepted as a reference test for the virologic diagnosis of influenza A (HIN1)pdm09 virus infection. Yet because of the high cost, the need for special infrastructure and experienced personnel these tests can only be used in specific laboratories. As an alternative, rapid antigen tests have been widely used in the diagnosis of influenza virus infection. The sensitivity and specificity of rapid antigen assays in the diagnosis of seasonal influenza are known to be variable. In 2009, after the emergence of influenza A (H1N1) pdm09 virus, reevaluation of performance of antigen tests has been needed. The aim of this study is to compare the antigen test with real-time RT-PCR in the diagnosis of influenza A (H1N1) pdm09 infection and to determine the sensitivity, specificity and predictive values of the test.
METHODS: In this study, 68 nasopharyngeal aspirate samples collected from pediatric patients between November 2009 and January 2010 were tested with a rapid diagnostic antigen test for influenza A and a real- time RT-PCR assay which detects both influenza A/B and influenza A (H1N1) pdm09. Results were compared in order to determine the performance characteristics of the antigen assay.
RESULTS: Rapid antigen test was positive in 26/68 (38.2%) of samples while 40 samples were positive for influenza A with influenza A/B RT-PCR assay and 41 were positive for influenza A (H1N1) pdm09. The sensitivity and the specificity of the rapid antigen test were 62.5% and 96.2% compared to influenza A/B RT- PCR and 63.4% and 100% compared to influenza A (H1N1) pdm09 RT-PCR assay. Positive predictive value of the antigen test was 100% and negative predictive value was 64.2% compared to influenza A (H1N1) pdm09 RT-PCR test.
DISCUSSION AND CONCLUSION: This study showed that rapid antigen test could be helpful in the diagnosis of influenza virus A (H1N1) pdm 09 infection in pediatric patients during an epidemic. Nevertheless, because of its low sensitivity, negative results should be confirmed with RT-PCR.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Toksoplazmoz zorunlu hücre içi paraziti olan Toxoplasma gondii tarafından oluşturulan bir enfeksiyondur. Genellikle asemptomatik seyretmekle birlikte, immün sistemi baskılanmış kişilerde ve gebelerde yaşamı tehdit eden enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Çalışmada, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı’na toksoplazmoz şüpheli hastalardan gönderilen kan örneklerinde anti-T. gondii IgG, IgM ve IgG avidite test sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma kapsamında, Ekim 2014-Ekim 2015 tarihleri arasında toksoplazmoz şüphesi ile Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen kan örneklerinde anti-T. gondii IgG, IgM ve IgG avidite testleri “Enzyme Linked Fluoresan Assay” (ELFA) yöntemiyle çalışıldı.
BULGULAR: Anti-T. gondii IgG antikor varlığı test istemi olan hastaların %39.3 (247/628)’ünde, IgM antikor varlığı test istemi olan hastaların %6 (64/1050)’sında pozitif bulundu. Anti-T. gondii IgG avidite testi 159 hastadan istenmiş, bu hastaların 133 (%83.6)’ü yüksek avidite, 15
(%9.4)’i düşük avidite ve 11 (%6.9)’i sınırda avidite indeksi olarak değerlendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: İmmün sistemi baskılanmış kişilerde antikor testlerinin güvenilirliği değişmekle birlikte, IgG avidite testinin tanı koymada yararlı olabileceği düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Toxoplasmosis is an infection caused by Toxoplasma gondii which is an obligate intracellular parasite. It generally courses as an asymptomatic infection, but it can lead to life threatening infections in pregnant women and immunocompromised patients. In this study, we investigated retrospectively the distribution of anti-T. gondii IgG, IgM and IgG avidity test results in blood samples of suspect toxoplasmosis patients sent to the laboratory of the Department of Medical Microbiology.
METHODS: In this study, blood samples sent to the Medical Microbiology Laboratory with suspected toxoplasmosis between October 2014 and October 2015 were analyzed with anti-T. gondii IgG, IgM and IgG avidity tests using Enyzme Linked Fluorescein Assay (ELFA).
RESULTS: Anti-T. gondii IgG and IgM antibodies were found to be positive in 39.3% (247/628) and 6% (64/1050) of the patients tested, respectively. Anti T. gondii avidity was tested in 159 patients and it is evaluated as high avidity in 133 (83.6%), low avidity in 15 (9.4%) and borderline avidity indices in 11 (6.9%) of these patients.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Although the reliability of antibody tests is variable in immunocompromised patients, IgG avidity test is considered to be useful in diagnosis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, yoğun bakım hastalarından izole edilen nonfermentatif Gram negatif bakterileri ve bunların antibiyotiklere direnç durumunu belirlemektir. Ayrıca bu çalışmanın amacı, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Yoğun Bakım Üniteleri’nde Ocak 2014 ve Aralık 2015 tarihleri arasında yatmış hastalardan gönderilen klinik örnekten üretilen 474 nonfermentatif Gram negatif bakteriyi ve direnç profilleri retrospektif olarak değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bakterilerin tanımlaması Vitek MS cihazında, antibiyotik duyarlılıkları ise Vitek 2 Compakt cihazında çalışılmıştır.
BULGULAR: Yoğun Bakım Üniteleri’nden gönderilen örneklerden en sık Acinetobacter cinsi (%69.83) sonrasında Pseudomonas aeruginosa (%25.52) ve Stenotrophomonas maltophilia (%4.64) izole edilmiştir. Bakterilerin en sık izole edildiği örnek türü trakeal aspirat (%40.71) olarak belirlenmiştir. Acinetobacter spp. ve P. aeruginosa izolatlarının en duyarlı olduğu antibiyotiğin kolistin olduğu saptanmıştır. S. maltophilia izolatlarında trimethoprim/ sulfamethoxazol (SXT) duyarlılığı %95.4 olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Etkili enfeksiyon kontrol önlemleri ve aktif sürveyansın yoğun bakım ünitelerindeki enfeksiyonların önlenmesinde önemlidir.

INTRODUCTION: The aim of this study is to identify nonfermentative gram negative bacteria isolated in Intensive Care Unit patients and antibiotic resistance patterns of these agents. The aim of this study is retrospective evaluation of the frequency of isolation and antimicrobial resistance patterns of 474 nonfermentative gram negative bacteria isolated from clinical materials sent from patients hospitalized in the
Intensive Care Units of Ondokuz Mayıs University Medical Faculty Hospital, between January 2014 and December 2015.
METHODS: Identification and antimicrobial susceptibility of the bacteria were performed in Vitek MS and Vitek2 Compact systems, respectively.
RESULTS: The most frequently isolated bacteria in clinical specimens sent from Intensive Care Units was Acinetobacter spp. (69.83%) followed by Pseudomonas aeruginosa (25.52%) and Stenotrophomonas maltophilia (4.64%). Bacteria were most frequently isolated from tracheal aspirates (40.71%). Acinetobacter spp. and P. aeruginosa isolates have the highest susceptibility to colistin, and susceptibility of S. maltophilia isolates to trimethoprim/ sulfamethoxazol (SXT) was determined as 95.4%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Effective infection control measures and active survelliance are important measures for prevention of infections in intensive care units.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kan kültürlerinden bakterilerin izole edilmesi genellikle acil antimikrobiyal tedavi gerektiren ciddi invaziv enfeksiyonların bir göstergesidir. Bakteriyemi ve sepsis yüksek mortalite ve morbidite oranlarına sahiptir. Genelde neonatal sepsisin predominant
nedeni özellikle gram negatif bakteriler olup, bunların içinde de Klebsiella pneumoniae gelişmekte olan ülkelerde en sık patojendir. Hastalardan izole edilen mikroorganizmalar farklı antimikrobiyal duyarlılıklara sahiptir. Bu yüzden başarılı tedavi uygun antibiyotik kullanımına bağlıdır. Çoğu suş geniş spekturumlu antimikrobiyallere oldukça dirençli olduğu için, hastanede kazanılmış K. pneumoniae suşlarını tedavi etmek zor olabilir. Bu çalışmanın amacı, kan kültürlerinden izole edilen Klebsiella suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanması ve hastanemiz kaynaklı Klebsiella enfeksiyonlarında seçilecek en uygun ampirik antimikrobiyal tedavinin belirlenmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamız Konya Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nin farklı kliniklerinden toplanmış klinik izolatlar üzerinde Ocak 2009 ila Aralık 2013 arasında yapılmıştır. Bakteriyal identifikasyon ve antimikrobiyal duyarlılıklarının saptanmasında konvansiyonel yöntemlerin yanısıra Phoenix (Becton Dickinson, Sparks, ABD) cihazı ve panelleri kullanılmıştır.
BULGULAR: Kan kültürlerinden izole edilen 179 Klebsiella suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. En sık izole edilen suş K. pneumoniae ssp pneumoniae suşu (158; %88.2) olarak saptanmıştır. Geniş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten Klebsiella suşlarının oranı %54.18 olarak tespit edilmiştir. En duyarlı antimikrobiyal ajan ertapenem (%98.53) olarak bulunmuştur. Meropenem (%97.17), imipenem (%94.70) ve amikacin (%93.74) sırasıyla ikinci, üçüncü, dördüncü duyarlı antimikrobiyal ajan olarak saptanmışlardır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: ESBL üreten suşların oranı oldukça yüksek olduğundan hastane kaynaklı Klebsiella enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde beta laktam antibiyotikler tercih edilmemelidir. Sonuç olarak, her hastanenin kendi antimikrobiyal duyarlılık paternini belirlemesi, en uygun ampirik antimikrobiyal tedavi seçimi için yaşamsaldır.

INTRODUCTION: Isolation of bacteria from blood culture plates is usually indicative of a serious invasive infection which requires an urgent antimicrobial therapy. Bacteremia and sepsis have high mortality and morbidity rates. In general, gram negative bacteria are the predominant cause of neonatal sepsis and among them, Klebsiella pneumoniae is the most common pathogen especially in developing countries. Microorganisms isolated from patients usually have different antimicrobial susceptibilities. Hence, successful treatment depends on prompt administration of appropriate antimicrobials. Treatment of hospital-acquired infections caused by K. pneumoniae may be difficult because many strains are highly resistant to many broad-spectrum antimicrobials. The aim of this study is to determine antimicrobial susceptibilities of Klebsiella strains isolated from blood cultures, and to assess the most effective empirical antimicrobial
therapy for our hospital-acquired Klebsiella infections.
METHODS: In the present study, clinical Klebsiella strains isolated from various clinics of Konya Training and Research Hospital between January 2009 and December 2013 were used. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed by using conventional methods and Phoenix system (Becton Dickinson Sparks, USA).
RESULTS: One hundred and seventy- nine Klebsiella strains isolated from blood cultures were included in the study. The most frequently isolated strain was K. pneumoniae spp (n=158; 88.2%). The detection rate of extended spectrum beta lactamase (ESBL) producing Klebsiella spp was 54.18%. Ertapenem (98.53%) was the most effective antimicrobial against Klebsiella isolates followed by meropenem (97.17%), imipenem (94.70%), and amikacin (93.74%).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Since the rate of ESBL producing strains was quite high, beta lactam antibiotics should not be preferred for the empirical treatment of hospital-acquired Klebsiella infections. In conclusion, as a vital issue each hospital should determine its own antimicrobial susceptibility patterns for the selection of the most optimal empirical antimicrobial therapy.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kateter ilişkili üriner sistem enfeksiyonlarına neden olan önemli etkenlerden biri GSBL pozitif üropatojen Escherichia coli’dir. Biyoteknoloji ile üretilen biyouyumlu malzemenin katatere kaplanarak kolonizasyonun engellenmesi enfeksiyonun önlenmesinde önemli bir aşamadır. Sunulan araştırmada, GSBL pozitif üropatojen E. coli izolatlarının farklı biyouyumlu nanomalzemelerle kaplanmış mikroplaklardaki biyofilm oluşumuna etkisinin incelemesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ankara TOBB ETÜ Hastanesi dâhili ve cerrahi polikliniklere başvuran ayaktan hastaların idrar kültüründen izole toplam 45 GSBL pozitif E. coli izolatının plazma polimerizasyon yöntemiyle iki farklı monomerle [2–hidroksietilmetakrilat (HEMA)] ve Etilen glikol
dimetakrilat (EGDM)] kaplanmış mikroplaklarda biyofilm oluşumu araştırılmıştır.
BULGULAR: Araştırmada kullanılan 45 GSBL pozitif E. coli suşunun 8 tanesi standart yöntemler ile boş plaklarda hafif düzeyde biyofilm oluştururken, EGDM ile kaplanmış mikroplakta 11, HEMA ile kaplanmış mikroplakta ise yalnızca 1 suş biyofilm tabaka oluşturmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Monomer yapılarla kaplanmış üriner kateterlerin kullanılmasının üriner sistemde kateter ilişkili enfeksiyonlarını ve buna bağlı morbidite ve mortalite oranlarını azaltabileceğini gösteren in vitro sonuçlar elde edilmiştir.

INTRODUCTION: Extended spectrum beta lactamase (ESBL) positive urinary pathogen Escherichia coli is one of the major agents that lead to catheter-associated urinary tract infection. Prevention of colonization via coating the catheter with biocompatible materials produced by
biotechnology is an important step in the prevention of infection. In the presented study, it was aimed to investigate the biofilm formation of ESBL positive urinary pathogen E. coli isolates on microplates which were coated with different bio-compatible nano-materials.
METHODS: Biofilm formation of a total of 45 ESBL positive E. coli isolates identified at urine cultures of patients who attended to the medical and surgical outpatient clinics of Ankara TOBB ETU Hospital, on microplates coated with two different monomers [2- hydroxyethyl methacrylate (HEMA) and ethylene glycol dimethacrylate (EGDM)] using plasma polymerization technique was examined.
RESULTS: Out of 45 ESBL positive E. coli strains used in the study, 8 were observed to form a slight level of biofilm on uncoated plates whereas on EGDM coated microplates 11, and on HEMA coated microplate only 1 strain formed biofilm.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In vitro results showed that using urinary catheters coated with monomer material can reduce catheter associated urinary system infections and morbidity and mortality rates accordingly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Bakteriyel beyin apsesi (BBA) aerop ve anaerop mikroorganizmaların neden olabildiği fokal beyin parankim infeksiyonudur. Bu mikroorganizmalar ekzojen veya endojen kaynaklı olabilir. Bu patojenlerden biri Fusobacterium nucleatum’dur. Oral hijyeni kötü olan hastalarda sıklıkla periodontite sekonder BBA’ne neden olabilmektedir. BBA’nin tanısı kraniyal görüntüleme yöntemleri ile konulmaktadır. Klinik ve radyolojik bulguları nekrotik beyin tümörlerini taklit edebilmektedir. Görüntüleme yöntemleri ile beyin apselerinin nekrotik tümörlerden ayırıcı tanısını yapmak genellikle zordur. Makalemizde F. nucleatum’un etken olduğu bir beyin apsesi olgusu sunulmuştur. Beyin apse ve tümörlerinin klinik ve/veya radyolojik olarak benzerlik gösterebildiği, bu nedenle ayırıcı tanının dikkatli yapılması ve hasta örneklerinden mutlaka mikrobiyolojik değerlendirmenin de yapılması gerektiği vurgulanmıştır.

Bacterial brain abscess (BBA) is a focal parenchymal brain infection that can be caused by aerobic and anaerobic microorganisms. These microorganisms can be of exogenous and endogenous origin. One of these pathogens is Fusobacterium nucleatum. It can frequently cause BBA secondary to periodontitis in patients with poor oral hygiene. BBA is diagnosed by neuroimaging techniques. Clinical and radiological findings may mimic necrotic brain tumors. The differential diagnosis of brain abscess and necrotic tumors using imaging techniques is usually difficult. In this article a case of brain abscess due to Fusobacterium nucleatum is presented. We have emphasized that brain abscess and brain tumors can show clinical and/ or radiological similarities and the differential diagnosis
should be done carefully.

Makale Özeti | Tam Metin PDF