Evaluation of the Performance of a Multiplex PCR Method for the Diagnosis of Viral Respiratory Tract Infections
Ayşe Arslan1, Candan Çiçek1, Eylem Ulaş Saz2, Figen Gülen2, Haydar Soydaner Karakuş31Ege University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Izmir2Ege University Faculty of Medicine, Department of Child Health and Diseases, Izmir
3Ege University Faculty of Medicine, Department of Pulmonary Diseases, İzmir
INTRODUCTION: In this study, we aimed to compare multiplex PCR (mPCR) assay with conventional methods [direct fluorescent antibody (DFA) test and shell vial cell culture] for the detection of respiratory viruses in patients with acute respiratory tract infection and to evaluate the performance of the multiplex PCR method.
METHODS: Between January 2012 and August 2013, nasopharyngeal swab specimens collected from 502 [43.2%) female, 285 (56.8%) male] patients with acute respiratory tract infection were analyzed. Shell vial cell culture and DFA were used as a gold standard method for the detection of respiratory viruses. Multiplex PCR test was performed according to the manufacturer’s instructions.
RESULTS: Two hundred and thirty-eight (47.4%) patients were positive for respiratory viruses as detected by at least one method. Among 502 specimens analyzed, 189 (37.6%) were positive using the combination of DFA and shell vial cell culture [excluding human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV), parainfluenza virus type 4 (PIV 4)], and 233 (46.4%) were positive by mPCR. Thirty-seven samples were excluded from the comparison, because HMPV, HCoV, HRV, HBoV, PIV 4 could not be detected by DFA and shell vial cell culture. The overall sensitivity, specificity, positive, and negative predictive value, and diagnostic accuracy of mPCR were 97.3, 95.7, 93.9, 98.1 and 96.3%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Respiratory syncytial virus (RSV), HRV and influenza virus type A (INF A) were the most frequently identified respiratory viruses in patients with respiratory tract infections. The sensitivity and specificity of mPCR were found to be quite high. Additionally mPCR could identify 37 respiratory viruses that DFA and cell culture could not. As the mPCR method was found to have high sensitivity and specificity. it was predicted to be suitable for use in routine laboratories.
Viral Solunum Yolu Enfeksiyonlarının Tanısında Bir Multipleks PCR Yönteminin Performansının Değerlendirilmesi
Ayşe Arslan1, Candan Çiçek1, Eylem Ulaş Saz2, Figen Gülen2, Haydar Soydaner Karakuş31Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir2Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, İzmir
3Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı, İzmir
GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum virüslerinin saptanmasında konvansiyonel yöntemlerle
[“shell vial” hücre kültürü yöntemi, direkt fluoresans antikor (DFA)] multipleks polimerize zincir tepkimesi (PCR) test yöntemini karşılaştırmak ve multipleks PCR testinin performansını değerlendirmek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, Ocak 2012-Ağustos 2013 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu tanılı 502 [217 (%43.2) kadın, 285 (%56.8) erkek] nazofarengeyal sürüntü örneği incelendi. Solunum virüslerinin saptanmasında, DFA ve “shell vial” hücre kültürü yöntemi altın standart olarak alındı. Multipleks PCR testi için, üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışıldı.
BULGULAR: Değerlendirilen hastaların 238’inde (%47.4) en az bir yöntemle solunum virüsleri pozitif bulundu. İncelenen 502 örneğin 189’u (%37.6) DFA ve shell vial hücre kültürü yöntemi ile pozitif [human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV) ve parainfluenza virüs tip 4 (PIV 4) hariç], 233’ü (%46.4) multipleks PCR ile pozitif bulundu. Yalnızca HMPV, HCoV, HRV, HBoV ve PIV 4’ün pozitif olduğu 37 örnek, DFA ve shell vial hücre kültürü ile saptanamadığı için karşılaştırma dışı bırakıldı. Hücre kültürü ve DFA’ya göre multipleks PCR yönteminin duyarlılık, özgüllük, PPV, NPV ve test geçerlilik oranları sırasıyla %97.3, %95.7, %93.9, %98.1 ve %96.3 olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda sırasıyla en sık saptanan solunum virüsleri respiratory sinsitial virüs (RSV), HRV
ve influenza virüs tip A (INF A) olmuştur. Multipleks PCR’ın duyarlılık ve özgüllüğü oldukça yüksek bulunmuştur. Multipleks PCR’ın DFA ve hücre kültürü yöntemleriyle saptanamayan 37 solunum virüsünü de tanımlayabildiği görülmüştür. Multipleks PCR’ın yüksek duyarlılık ve özgüllüğe nedeniyle rutin laboratuvar kullanımına uygun olduğu öngörülmüştür.
Corresponding Author: Ayşe Arslan
| TOOLS |
 Full Text PDF Print Download citation RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager Share with email Share Similar articles Google Scholar |