Evaluation of resistance rates of Escherichia coli isolates of urinary tract infection to various antibiotics

Bolu Abant Izzet Baysal University Faculty Of Medicine Department Of Medical Microbiology, Bolu

INTRODUCTION: Escherichia coli (E. coli) is the most common cause of urinary tract infections (UTI) both in the world and in our country. Increase in bacterial resistance mechanisms also limit the treatment of these infections. Selection of antibiotics to be used according to an accurate antibiotic susceptibility test (ADT) result is of great importance in controle of antibiotic resistance. We aimed to determine the susceptibility and resistance in E. coli, which is one of the pathogens in urinary tract infection in our hospital, to various antibiotics.
METHODS: Between 01.01.2018-01.11.2019, urine samples obtained from patients with an uncomplicated diagnosis of UTI, sent to the microbiology laboratory of our hospital, were analyzed retrospectively through the hospital archive. Fully automated device (Vitek2, bioMeriux, France) was used to identify bacteria in the urine culture and to determine antibiotic susceptibilities. Antibiotic susceptibility tests reults were interpreted according to minimal inhibitory concentrations (MIC) in accordance with the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) 2018 standards.
RESULTS: Out of a total of 22,774 urine samples, reproduction was detected in 1,962 (9%). Of these, 1466 (75%) were identified as E. coli The analysis of the antibiotic susceptibility test results have indicated that isolates were resistant to ampicillin in 81%, gentamicin in 18%, trimethoprim-sulfamethoxazole in 40%, nitrofurantoin in 4%, phosphomycin in 4%, amoxicillin-clavulanic acid in 46%, cefixim in 42%, ciprofloxacin in 41%, amikacin in 5%, imipenem in 2%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In this study, it was understood that the use of ampicillin, amoxicillin clavulanic acid would not be appropriate, and phosphomycin and nitrofurantoin would be more appropriate in the treatment of UTIs with the effect of E. coli.

Keywords:

Üriner Sistem Enfeksiyonu Etkeni Escherichia coli İzolatlarının Çeşitli Antibiyotiklere Direnç Oranlarının Değerlendirilmesi

Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Bolu

GİRİŞ ve AMAÇ: Hem dünyada hem de ülkemizde Escherichia coli (E. coli) üriner sistem enfeksiyonlarının (ÜSE) en sık nedenidir. Gelişen bakteriyel direnç mekanizmaları bu enfeksiyonların tedavisini de kısıtlamaktadır. Tedavide kullanılacak antibiyotiklerin doğru bir antibiyotik duyarlılık testi (ADT) sonucuna göre belirlenmesi gelişen antibiyotik direncini kontrol altına almakta büyük önem taşımaktadır. Hastanemizde görülen ÜSE etkeni olan E. coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 01.01.2018-01.11.2019 tarihleri arasında, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına komplike olmayan ÜSE ön tanısı ile gönderilen idrar örnekleri hastane arşivinden retrospektif olarak incelenmiştir. İdrar kültür örneklerinde üreme saptanan örneklerin bakteri tanımlanmasında ve antibiyotik duyarlılıklarının tespitinde tam otomatize cihaz (Vitek2,bioMeriux, Fransa) kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları “European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing” (EUCAST) 2018 standartlarına uygun olarak minimal inhibitör konsantrasyonlarına (MİK) göre yorumlanmıştır
BULGULAR: Toplam 22.774 idrar örneğinden 1.962’sinde (%9) üreme saptanmıştır. Bunlardan 1.466’sı (%75) E. coli olarak tanımlanmıştır. İzolatların antibiyotik dirençleri incelendiğinde; %81’inde ampisilin, %18’inde gentamisin, %40’ında trimetoprim-sülfametoksazol, %4’ünde nitrofurantoin, %4’ünde fosfomisin, %46’sında amoksisilin-klavulanik asit, %42’sinde sefiksim, %41’inde siprofloksasin, %5’inde amikasin, %2’sinde imipenem direnci saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada etkeni E. coli olan ÜSE’larının tedavisinde ampirik olarak ampisilin, amoksisilin klavulanik asit antibiyotiklerinin kullanımının uygun olmayacağı, fosfomisin, nitrofurantoin antibiyotiklerinin tercih edilmesinin daha uygun olacağı anlaşılmıştır.

Anahtar Kelimeler:

Fatma Avcıoğlu, Mustafa Behçet. Evaluation of resistance rates of Escherichia coli isolates of urinary tract infection to various antibiotics. . 2020; 50(3): 172-177

Corresponding Author: Fatma Avcıoğlu, Türkiye