. 2016; 13(2): 0-0

E-Pharmacophore Mapping Combined with Virtual Screening and Molecular Docking to Identify Potent and Selective Inhibitors of P90 Ribosomal S6 Kinase (RSK)

Abdulilah Ece
Biruni University, Faculty of Pharmacy, Department of Pharmaceutical Chemistry, Istanbul, TURKEY

INTRODUCTION: The p90 ribosomal S6 kinases (RSK) are a family of serine/threonine protein kinases and are shown to
be involved in cancer cell proliferation.
METHODS: The lack of highly selective inhibitors and also the lack of structural information regarding the mechanism of those inhibitors restricts the progress in this field. It has also been reported that without a proper crystal structure of RSK, the protein-inhibitor interactions in silico studies had been erroneously concluded.
RESULTS: The first e-pharmacophore model for RSK2 has been generated in this study using recently resolved high resolution crystal structure of RSK2 in complex with LJH685 that is amongst the most potent and selective RSK inhibitors to date. 12 compounds have been suggested as promising potent and selective RSK inhibitors after the combination of virtual screening of a large database (ca. 7 million compounds with more than 144 million conformations), followed by a series of molecular docking work flow and visual inspection of all hits for critical binding modes.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Amongst those hits, 5777208 and 5919607 have been found to have remarkable docking score and binding interactions.

Keywords: RSK, E-pharmacophore, Cancer, Virtual screening, Docking


E-Farmakofor Haritalanması, Sanal Tarama ve Moleküler Kenetlenmenin Birleştirilmesi ile Etkili ve Seçici P90 Ribosomal S6 Kinaz (RSK) İnhibitörlerinin Belirlenmesi

Abdulilah Ece
Biruni University, Faculty of Pharmacy, Department of Pharmaceutical Chemistry, Istanbul, TURKEY

GİRİŞ ve AMAÇ: p90 Ribozomal kinazlar serin/treonin protein kinaz ailesindendir ve kanser hücrelerinin çoğalmasında rol aldıkları saptanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Yüksek seçiciliğe sahip inhibiötlerin ve aynı zamanda bu inhibitörlerin mekanizmalarına ait yapısal bilgilerin eksikliği, bu alanda ilerlemeyi kısıtlamaktadır. Uygun bir RSK kristal yapısı olmadan yapılan in siliko protein-inhibitör çalışmalarında da yanlış sonuçlara varıldığı söylenmiştir.
BULGULAR: Bu çalışmada, yeni çözümlenen, en etkili ve seçici RSK inhibitörlerinden LJH685 ile kompleks halinde olan, yüksek çözünürlükteki RSK2 kristal yapısı kullanılarak, RSK2'ye ait ilk efarmakofor modeli oluşturulmuştur. Büyük veri tabanlarının (144 milyondan fazla konformasyona sahip yaklaşık 7 milyon bileşik) sanal taraması, ardından bir dizi moleküler kenetleme çalışması ve kritik bağlanma modlarının görsel olarak incelenmesi çalışmalarının birleştirilmesi ile 12 bileşik umut vaat eden etkili ve seçici inhibitörler olarak önerilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu bileşikler arasından 5777208 ve 5919607'nin kayda değer kenetlenme skorlarının ve bağlanma etkileşimlerinin olduğu bulunmuştur.

Anahtar Kelimeler: RSK, E-farmakofor, Kanser, Sanal tarama, Kenetlenme


Abdulilah Ece. E-Pharmacophore Mapping Combined with Virtual Screening and Molecular Docking to Identify Potent and Selective Inhibitors of P90 Ribosomal S6 Kinase (RSK). . 2016; 13(2): 0-0

Corresponding Author: Abdulilah Ece, Türkiye


TOOLS
Print
Download citation
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
Share with email
Share
Send email to author

Similar articles
Google Scholar