Integrated Analysis Of Differentially Expressed Genes Implicated In The Ovarian Cancer Progression

¹Kocaeli University, Institute of Health Sciences, Department of Medical Genetics and Molecular Biology, Kocaeli, Turkey
²Kocaeli University, Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Kocaeli, Turkey

Objective:
Ovarian cancer (OC) is a common gynecological malignancy, associated with high morbidity and generally poor prognosis, despite treatment. The aim of this study is to understand influence of gene expression differences and pathways in the ovarian cancer development and progression.
Materials and Methods:
One hundred and thirty-three ovarian cancer samples and 34 normal ovarian tissues were included in the study from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. GeneSpring Software was used to obtain the differentially expressed genes (DEGs) in all stages comparing tumor and normal. The DEGs were analyzed using the DAVID interface for KEGG pathway analysis. Most connected 15 genes were selected as hub genes for each stage using the STRING application in Cytoscape software.
Results:
DEGs were found associated with cell cycle and herpes simplex virus infection pathways. A total of 19 genes (ACTB, AKT1, ALB, CTNNB1, EGFR, EP300, ESR1, FN1, GAPDH, HSPA4, IL6, JUN, MYC, PTEN, RPS27A, SRC, TNF, TP53 and UBC) were identified as hub genes. Among the hub genes, TP53 gene was found having the highest level of connections in all stages. EGFR, RPS27A and AKT1 was found to have high number of connections in stage II, stage III and stage IV, respectively.
Conclusion:
The results of the current study may produce new insights regarding ovarian cancer pathogenesis and suggest potential prognostic and therapeutic targets.

Keywords:

Yumurtalık Kanseri Progresyonunda Rol Oynayan Diferansiyel Olarak İfade Edilen Genlerin Entegre Analizi

¹Kocaeli Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye
²Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye

Amaç:
Yumurtalık kanseri, tedavi çabalarına rağmen yüksek morbiditeye sahip olup ve genellikle kötü prognoz ile ilişkili yaygın bir jinekolojik malignite olarak bilinmektedir. Çalışmamızda, gen ekspresyon farklılıklarının ve moleküler yolakların yumurtalık kanseri gelişimi ve ilerlemesindeki rolünün araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntemler:
Çalışmaya yüz otuz üç yumurtalık kanseri ve 34 normal yumurtalık dokusu örneği Gene ExpressionOmnibus (GEO) veri tabanından indirilerek dahil edilmiştir. Tüm evrelerde diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) elde etmek için GeneSpring Yazılımı tümör ve normali karşılaştırarak kullanıldı. DEG'ler, KEGG yolak analizi için DAVID arayüzü kullanılarak analiz edilmiştir. Her evredeki merkezi genler, Cytoscape yazılımındaki STRING uygulaması kullanılarak en fazla bağlantıya sahip 15 gen şeklinde belirlenmiştir.
Bulgular:
Diferansiyel olarak ifade edilen genler, hücre döngüsü ve herpes simpleks virüs enfeksiyonu yolakları ile ilişkili bulunmuştur. Toplam 19 gen (ACTB, AKT1, ALB, CTNNB1, EGFR, EP300, ESR1, FN1, GAPDH, HSPA4, IL6, JUN, MYC, PTEN, RPS27A, SRC, TNF, TP53 ve UBC) merkezi genler olarak saptanmıştır. Merkezi genler arasında TP53 geninin tüm evrelerde en yüksek düzeyde bağlantıya sahip olduğu bulunmuştur. EGFR, RPS27A ve AKT1'in sırasıyla evre II, evre III ve evre IV'te yüksek sayıda bağlantıya sahip olduğu dikkati çekmiştir.
Sonuç:
Bu çalışmanın sonuçları over kanseri patogenezine ilişkin literatüre yeni bilgiler katabilir ve potansiyel prognostik ve terapötik hedefler önerebilir.

Anahtar Kelimeler:

Bahriye Gür, Nurhan Külcü Sarıkaya, DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU. Integrated Analysis Of Differentially Expressed Genes Implicated In The Ovarian Cancer Progression. . 2023; 20(4): 0-0

Corresponding Author: Bahriye Gür, Türkiye