Phylogenetic Analysis and Prevalence of Human Papillomavirus (HPV) in Women with Several Cervical Pathologies

Alp Avcı, Gülçin; Bozdayı, Gülendam; Taşkıran, Çağatay; Özkan, Seçil; Onan, M. Anıl

Gülçin Alp Avcı¹, Gülendam Bozdayı¹, Çağatay Taşkıran², Seçil Özkan³, M. Anıl Onan²

¹Gazi University, Faculty Of Medicine, Department Of Medical Microbiology, Ankara
²Gazi University, Faculty Of Medicine, Department Of Obstetrics And Gynecology, Ankara, Turkey
³Gazi University, Gazi University, Faculty Of Medicine, Department Of Public Health, Ankara, Turkeyof Medicine, Department Of Obstetrics And Gynecology, Ankara, Turkey

Objective: To determinate the prevalence of HPV types in patients with cervical cancers in our legion by Real time PCR and DNA sequence analysis and to make phylogenetic analysis was aimed in this study. Material and methods: From January to October 2010, cervical swap samples of 77 patients directed to colposcopy were included in the study. HPV DNA and HPV type 16 were detected by Real Time polymerase chain reaction using the L1 region. Real Time PCR amplifications of MY09/11 products were done by GP5+/GP6+ primers and Cyanine-5 labeled HPV DNA and HPV type 16 specific probe. HPV types determinate by GP5+/GP6+. Phylogenetic analysis of sequences was calculated by Kimura’s two parameters method. Statistically analyses were by using Pearson chi-square and odss ratio tests. Results: Forty seven samples (prevalence; 61%) of total seventy seven cervical samples detected as HPV DNA positive. While HPV type 16; 52%, HPV type 16+11; 4%, HPV type 16+6; 1% and non-typing HPV DNA 4% of seventy seven samples determining, 39% of samples observed as negative HPV. Participated in the study population, HPV DNA positive individuals are among 34-56 years. Most HPV DNA positivity rate of 80.0% was between the ages of 31-40. 52.2% of HPV DNA positivity between the ages of 41-50 to fall, but again, 83.3% between the ages of 51-60 to a second peak was determined that increased. 60.0% of 20 ASC-H cases, 63.8% of 36 ASC-US cases, 100% 9 of HSIL cases and 25.0% of 12 LSIL cases were positive for HPV DNA. Conclusion: The investigation of the distribution of HPV genotypes in women with cervical cancer and precancerous lesions in our region is important. Early diagnosis of HPV by using improved technological assays, play a key role to prevent the turn precancerous lesions into invasive cancers.

Keywords:

Çeşitli Servikal Patolojiye Sahip Kadınlarda Human Papillomavirus (HPV) Prevalansı ve Filogenetik Analizi

Gülçin Alp Avcı¹, Gülendam Bozdayı¹, Çağatay Taşkıran², Seçil Özkan³, M. Anıl Onan²

¹Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
²Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Kadın Hastalıkları Ve Doğum Anabilim Dalı, Ankara
³Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Ankara,

Amaç: Bu çalışmada, çeşitli servikal patolojiye sahip hastalarda gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA dizi analizi HPV tiplerinin sıklığının belirlenmesi ve filogenetik analizinin yapılması amaçlanmıştır. Gereç ve yöntemler: Çalışmaya Ocak-Ekim 2010 tarihleri arasında kolposkopi önerilen 77 adet hastaya ait servikal sürüntü örneği dahil edilmiştir. HPV DNA ve HPV tip 16 DNA’ sı L1 bölgesi hedef alınarak gerçek zamanlı PCR ile belirlenmiştir. MY09/ 11 ürünlerinin amplifikasyonları gerçek zamanlı PCR ile GP5+/GP6+ primerleri, siyanin–5 işaretli HPV DNA ve HPV tip 16 DNA spesifik probları kullanılarak yapılmıştır. Dizi analizinde GP5+/GP6+ primerleri kullanılmıştır. Filogenetik analiz, Kimura’nın iki parametre yöntemi ile yapılmıştır. İstatistiksel analizinde ise Pearson’nun ki-kare ve odss ratio testlerinden yararlanılmıştır. Sonuç: Toplam 77 servikal örneğin 47 (prevalans %61)’si HPV DNA pozitif tespit edildi. yetmiş yedi örneğin %52’si HPV 16; %4’ü HPV tip 16 ve tip 11; %1’i HPV tip 16 ve tip 6; ve %4’ü tiplendirilemeyen HPV DNA belirlenirken, %39’un da HPV’ye rastlanmadı. İnsan papillomavirus pozitif bulunan bireylerin yaşları 34–56 arasında olup, en fazla pozitiflik %80,0 oranı ile 31–40 yaşları arasında belirlenmiştir. İnsan papillomavirus pozitifliğinin 41–50 yaşları arasında %52,2’e düştüğü, ancak 51–60 yaşları arasında tekrar %83,3’e yükselerek ikinci bir pik yaptığı görüldü. Ayrıca, 20 ASC-H’nin %60,0’ında; 36 ASC-US’ un %63,8’inde; 9 HSIL’nin %100’ünde ve 12 LSIL’nin %25’inde HPV DNA pozitif olarak belirlendi. Yorum: Hastanemizde serviks kanseri ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda HPV genotip dağılımının araştırılması önemlidir. Gelişen teknolojik yöntemler kullanılarak İnsan papillomavirusunun erken tanısı, prekanseröz lezyonların invaziv kanser haline dönüşmesini önlemek için anahtar rol oynamaktadır.

Anahtar Kelimeler:

Gülçin Alp Avcı, Gülendam Bozdayı, Çağatay Taşkıran, Seçil Özkan, M. Anıl Onan. Phylogenetic Analysis and Prevalence of Human Papillomavirus (HPV) in Women with Several Cervical Pathologies. . 2013; 10(3): 151-159

Corresponding Author: Gülçin Alp Avcı, Türkiye