Turk J Bioch. 2012; 37(1): 54-61 | DOI: 10.5505/tjb.2012.44153  

Apoptotik proteinlerin diskriminant analizi aracılığıyla sınıflandırılması

Çağın Kandemir Cavas1, Efendi Nasibov1, Efendi Nasibov2
1Department Of Computer Science, Faculty Of Sciences, Dokuz Eylül University, Tinaztepe Campus, Izmir, Turkey
2Institute Of Cybernetics, Azerbaijan National Academy Of Sciences, 9, F.agayev Str., Az-1141 Baku, Azerbaijan

AMAÇ: Sitoplazmik proteinler, plazma membranına bağlı proteinler, mitokondri iç-dış proteinleri ve diğer proteinler olarak dört bölgeye ayrılan ve her bir bölgede farklı biyolojik işlevlere sahip olan apoptotik proteinleri doğrusal diskriminant yöntemleri aracılığıyla sınıflandırmak.
YÖNTEMLER: Bu çalışmada, protein sekansları amino asit kompozisyonu olarak kodlanmakta, böylelikle protein sekanları yüksek boyutlu yapı aracılığıyla ifade edilmekte, ve sonucunda bu durum hesapsal karmaşıklığa neden olmaktadır. Apoptotik protein sekanslarının boyutunu azaltmak amacıyla temel bileşenler analizi uygulanmıştır. Verilere uygulanan bu önişlem adımından sonra, apoptotik proteinler doğrusal diskriminant analizi ve bulanık doğrusal diskriminant analizi ile sınıflandırılmıştır.
BULGULAR: Doğrusal diskriminant analizi ve bulanık doğrusal diskriminant analizi yöntemleri için doğru sınıflama yüzdeleri sırasıyla %16.3 ve %80.2 olarak elde edilmiştir. Test verisi olan apoptotik proteinler üstüste örtüşen veri yapısına sahip oldukları için doğrusal diskriminant analizi başarısız bir sonuç vermiştir. Bulanık mantığın üstüste örtüşen verilerin sınıflaması ve kümelemesi için uygun olması nedeniyle, bulanık mantığın ve doğrusal diskriminant analizinin birleşimi olan bulanık doğrusal diskriminant analizi memnun edici doğruluk oranları vermiştir.
SONUÇ: Apoptotik proteinlerin sınıflama problemleri için, bulanık yaklaşımın diğer klasik yöntemlerle birleşimi, daha yüksek ve daha güçlü doğruluk oranlarının eldesine imkan sağlayabileceği iddia edilmektedir.

Anahtar Kelimeler: apoptotik proteinler, amino asit kompozisyonu, biyoinformatik, temel bileşenler analizi, bulanık doğrusal diskriminant analizi, doğrusal diskriminant analizi


Classification of apoptosis proteins by discriminant analysis

Çağın Kandemir Cavas1, Efendi Nasibov1, Efendi Nasibov2
1Department Of Computer Science, Faculty Of Sciences, Dokuz Eylül University, Tinaztepe Campus, Izmir, Turkey
2Institute of Cybernetics, Azerbaijan National Academy of Sciences, 9, F.Agayev str., AZ-1141 Baku, Azerbaijan

OBJECTIVE: Prediction of the locations of apoptosis proteins which are divided into four locations as cytoplasmic proteins, plasma membrane-bound proteins, mitochondrial inner-outer proteins and other proteins; that have different biological function in each location.
METHODS: In this paper, we have encoded protein sequences as amino acid composition, thereby protein sequences are expressed via high dimensional structure, and consequently this case causes computational complexity. Principal component analysis has been used to reduce the dimension of apoptosis protein sequences. After this preprocessing step, apoptosis proteins are classified by linear discriminant analysis and fuzzy linear discriminant analysis.
RESULTS: The overall prediction accuracies for linear discriminant analysis and fuzzy linear discriminant analysis are obtained as 16.3% and 80.2%, respectively. Apoptosis proteins assigned as testing data set represent overlapping data structure, therefore linear discriminant analysis yields unsuccessful result. Since fuzzy logic is appropriate for classification and clustering of overlapping data, fuzzy linear discriminant analysis, the integration of fuzzy logic and linear discriminant analysis, gives satisfying prediction accuracy rates.
CONCLUSION: It can be argued that the association of fuzzy approach with other classical methods can yield higher and more robust prediction accuracy rates for the classification problems of apoptosis proteins.

Key words: apoptosis proteins, amino acid composition, bioinformatics, principal component analysis, fuzzy linear discriminant analysis, linear discriminant analysis


Çağın Kandemir Cavas, Efendi Nasibov, Efendi Nasibov. Classification of apoptosis proteins by discriminant analysis. Turk J Bioch. 2012; 37(1): 54-61

Sorumlu Yazar: Çağın Kandemir Cavas


ARAÇLAR
Tam Metin PDF (İngilizce)
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
E-Postala
Paylaş


Benzer makaleler
PubMed
Google Scholar